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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G003995`

染色体: Chr01 坐标: 58367056-58370528 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G003995`
名称	SmilChr01G003995
描述	transcription elongation factor SPT4 homolog 2-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	58367056 - 58370528 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998535`
GeneID	`130998535`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998535`
原始查询	`LOC130998535`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	transcription elongation factor SPT4 homolog 2-like
产物	transcription elongation factor SPT4 homolog 2-like
Arabidopsis	`AT5G63670` (SPT42) SPT4 homolog 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836487] identity=68.8; qcov=0.893; evalue=7.24e-57; confidence=high
Rice	`Os07g0623400` (P0524E08.113) - identity=68.1; qcov=0.926; evalue=4.84e-56; confidence=high
GO	GO:0000993 (RNA polymerase II complex binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0006325 (chromatin organization); GO:0006397 (mRNA processing); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0032044 (DSIF complex); GO:0032786 (positive regulation of DNA-templated transcription, elongation); GO:0034243 (regulation of transcription elongation by RNA polymerase II)
KEGG	smil03250 (Viral life cycle - HIV-1 - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF06093 (Spt4)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998535

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057779936.1`
2	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057779936.1`
3	Nucleoplasm	核质	0.40000	`XP_057779936.1`
4	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057779936.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057779936.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:58367601`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	130	A1,A10,A11,A13,A14,A16,A19,A22,A23,A25,A3,A4,A5,A6,A8,B1,B103,B106,B107,B11,B111,B112,B113,B114,B115,B121,B122,B123,B124,B125,B127,B129,B131,B132,B133,B134,B135,B136,B139,B14,B140,B15,B17,B18,B21,B23,B24,B27,B28,B29,B30,B31,B34,B36,B37,B4,B41,B42,B43,B44,B45,B47,B5,B54,B55,B56,B58,B68,B69,B76,B79,B8,B80,B82,B83,B85,B86,B87,B88,B89,B90,B92,B94,B96,B99,C11,C12,C14,C15,C16,C17,C24,C30,C34,C35,C36,C39,C4,C40,C43,C44,C45,C47,C5,C57,C58,C59,C61,C63,C64,C65,C66,C67,C69,C7,C71,C73,C75,C76,C79,C82,C83,C86,C87,D10,D11,D3,D4,D6,D9
`Chr1:58367610`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	24	A1,B111,B121,B15,B37,B42,B43,B44,B45,B58,B69,B9,B94,C30,C31,C38,C48,C51,C52,C71,C73,C76,C78,C9
`Chr1:58367627`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B66
`Chr1:58367627`	`AC`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B66
`Chr1:58367652`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B41
`Chr1:58368630`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	A18
`Chr1:58368630`	`AT`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	A18
`Chr1:58369517`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B15,C77,C79
`Chr1:58369663`	`GGC`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	C26
`Chr1:58369663`	`GGC`	`G`	2bp_deletion	CDS_variant	1	C26
`Chr1:58369687`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B23,C53,D2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779936.1

127 aa

127

Spt4

PF06093 Spt4 22-98 aa

XP_057779938.1

127 aa

127

Spt4

PF06093 Spt4 22-98 aa

XP_057779943.1

122 aa

122

Spt4

PF06093 Spt4 22-98 aa

XP_057779949.1

122 aa

122

Spt4

PF06093 Spt4 22-98 aa

XP_057779954.1

122 aa

122

Spt4

PF06093 Spt4 22-98 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057779936.1`	Pfam	`PF06093`	Spt4	Domain	22	98	5.5e-29	100.8	Spt4/RpoE2 zinc finger
`XP_057779938.1`	Pfam	`PF06093`	Spt4	Domain	22	98	5.5e-29	100.8	Spt4/RpoE2 zinc finger
`XP_057779943.1`	Pfam	`PF06093`	Spt4	Domain	22	98	5.1e-29	100.9	Spt4/RpoE2 zinc finger
`XP_057779949.1`	Pfam	`PF06093`	Spt4	Domain	22	98	5.1e-29	100.9	Spt4/RpoE2 zinc finger
`XP_057779954.1`	Pfam	`PF06093`	Spt4	Domain	22	98	5.1e-29	100.9	Spt4/RpoE2 zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923966.1
TAAATTGCGGGGATAGAGATCAATCGGTTCGTGTCCTAAAAAAATGAAATATGAAATCTGTAGTGTAAAATCCCTCTCACCAAAAACACGGGGTTGAACTTTGTTCGATTCCATCGACAACCATTTGAGACGAAAGGAAGGGGAATTATGGTTAATCAAGGGGGAGGAGCAGCAGAAATGGCGCAAATACCAACCAGTTTTGGGCATGAGCTGAGAGCCTGCCTTCGCTGCCGACTTATCAAGACCCACGACCAGTTTAT...

XM_057923971.1
TAAATTGCGGGGATAGAGATCAATCGGTTCGTGTCCTAAAAAAATGAAATATGAAATCTGTAGTGTAAAATCCCTCTCACCAAAAACACGGGGTTGAACTTTGTTCGATTCCATCGACAACCATTTGAGGTACTTTATTCCATTGTTCTACCTTTGTATTTCTGTTATTGTCTCTTACAATCTTTTTCACTCCGACGGGAATTCTGGTCAAGACTTTTTACTCTTTGTCGAATCGAAAATTTGGCAAAATTTGGGGTTTT...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA

LOC130998535
ATGGTTAATCAAGGGGGAGGAGCAGCAGAAATGGCGCAAATACCAACCAGTTTTGGGCATGAGCTGAGAGCCTGCCTTCGCTGCCGACTTATCAAGACCCACGACCAGTTTATGGACTTTGGGTGCGAAAACTGCAAGTTCTTTCAGATGGAGAATGACCGTGACAGAGTTCTTGACTGCACAACTCACAAGTTCACAGGGTTAATCTCTGTCATGGACCCGACTAGATGTTGGGCCACCCGTTGGCTACGCACTGGAAA...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA

XP_057779936.1
MVNQGGGAAEMAQIPTSFGHELRACLRCRLIKTHDQFMDFGCENCKFFQMENDRDRVLDCTTHKFTGLISVMDPTRCWATRWLRTGKCVPGCYTLAVSEALPQDLQFVMMQNVCEDENVPYVLPRGV

XP_057779938.1
MVNQGGGAAEMAQIPTSFGHELRACLRCRLIKTHDQFMDFGCENCKFFQMENDRDRVLDCTTHKFTGLISVMDPTRCWATRWLRTGKCVPGCYTLAVSEALPQDLQFVMMQNVCEDENVPYVLPRGV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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