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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003874

染色体: Chr08 坐标: 45851171-45851815 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003874
名称SmilChr08G003874
描述uncharacterized SmilChr08G003874
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向45851171 - 45851815 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998544
GeneID130998544
locus_tag-
NCBI NameLOC130998544
原始查询LOC130998544

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998544

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057779941.1
2 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057779941.1
3 Chromosome 染色体 0.80000 XP_057779941.1
4 Chromatin 染色质 0.20000 XP_057779941.1
5 Nuclear body 核内小体 0.20000 XP_057779941.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:45851195 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr8:45851237 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B41,B71,B89,C70
Chr8:45851252 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 8 A3,B104,B133,B22,B27,B4,C48,D6
Chr8:45851271 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B56,B96,C40,D4
Chr8:45851337 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B26,B51
Chr8:45851354 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 6 A13,B34,B76,B95,C20,C26
Chr8:45851356 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B115,B131,C25
Chr8:45851357 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 8 B41,B51,B53,B71,B89,C10,C70,C83
Chr8:45851363 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B13,D11
Chr8:45851385 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B26,B51
Chr8:45851394 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21
Chr8:45851399 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B124,C52

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923958.1
ATGGCAAAACCCAAGGGAGGGACGGGCTCAGGAAACACCCAACCACCAAAGGGGAAGACTACCAAACCCCCACCACCGAAGCGATCTACAAGTCGAACCACCTCAGAGGAGACCTCTACTAAGGTCACTGAAGACCCCTTGCTAACTATTCAGCCCGAGGACAGAGGACGTACTGAAGTCCTACAGCAAGAGGAACAGGAGATTGCAAGAGTAGCCGCCGAGTCAAAACAACCGAAGAAGCCGGAAGAAAAGGAGCCTAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998544
ATGGCAAAACCCAAGGGAGGGACGGGCTCAGGAAACACCCAACCACCAAAGGGGAAGACTACCAAACCCCCACCACCGAAGCGATCTACAAGTCGAACCACCTCAGAGGAGACCTCTACTAAGGTCACTGAAGACCCCTTGCTAACTATTCAGCCCGAGGACAGAGGACGTACTGAAGTCCTACAGCAAGAGGAACAGGAGATTGCAAGAGTAGCCGCCGAGTCAAAACAACCGAAGAAGCCGGAAGAAAAGGAGCCTAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779941.1
MAKPKGGTGSGNTQPPKGKTTKPPPPKRSTSRTTSEETSTKVTEDPLLTIQPEDRGRTEVLQQEEQEIARVAAESKQPKKPEEKEPKLTPPTKKSKKAQTGKATPARSIIAPPLVQAQPQPQIPETSMQEGKPLPRIRKKKKNKRRRKRRRLKKERELRPFKRRRWKSRHHKEEGSKGSSMLRSLHCPLRPDQHRQAVRPELKANRAGDRGNLL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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