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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003888

染色体: Chr08 坐标: 46186448-46187062 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003888
名称SmilChr08G003888
描述CBL-interacting serine/threonine-protein kinase 7-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向46186448 - 46187062 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998548
GeneID130998548
locus_tag-
NCBI NameLOC130998548
原始查询LOC130998548

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述CBL-interacting serine/threonine-protein kinase 7-like
产物CBL-interacting serine/threonine-protein kinase 7-like
ArabidopsisAT3G23000 (CIPK7)
CBL-interacting protein kinase 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821874]
identity=43.6; qcov=0.618; evalue=1.52e-22; confidence=medium
RiceOs03g0634400 (OsCIPK07)
-
identity=38.8; qcov=0.833; evalue=1.76e-24; confidence=medium
GOGO:0007165 (signal transduction)
KEGG-
PfamPF03822 (NAF)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998548

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057779946.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057779946.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057779946.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057779946.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057779946.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:46186454 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B1,B107
Chr8:46186458 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B41,B71,B89,C70
Chr8:46186552 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr8:46186553 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B51,B52,B72,C10,C83
Chr8:46186572 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B68
Chr8:46186572 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B68
Chr8:46186576 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 30 A13,A16,A23,A25,B101,B118,B12,B125,B129,B130,B134,B18,B28,B37,B42,B43,B45,B74,B87,B95,C11,C17,C28,C31,C37,C59,C69,C70,D7,D9
Chr8:46186585 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B68
Chr8:46186610 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 10 A23,A25,B18,B28,B37,B42,B43,B87,C31,C37
Chr8:46186702 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B108,B56,B96,D4
Chr8:46186748 A ATC 2bp_insertion frameshift_variant 6 A5,B39,B70,C52,C68,C87
Chr8:46186769 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779946.1
204 aa
N
1
102
204
NAF
C
PF03822 NAF 79-130 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057779946.1 Pfam PF03822 NAF Domain 79 130 2.3e-11 44.4 NAF domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923963.1
ATGCACCGCCGCGTCCTAGAGTTCCCCTATTGGGTCTCAGAATTGGCCAAAATTGTGATCTACAGATTACTCAATCCAAACCCTAGCACGAGGCTGAGCTTCAACGAATTAATCAAGCTCTCGTGGTTTAAGAAGTCGTTCTCGCAGGAGAATCTGAGGTCTCAAAGCGACAACAAGGTGGGATCGGAGTTTCTCGATCCTAAAGGGTTCAAATTCATAACTAGAGCGGATGTTTTCTACTTGATCTCGATGTCGTCGGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998548
ATGCACCGCCGCGTCCTAGAGTTCCCCTATTGGGTCTCAGAATTGGCCAAAATTGTGATCTACAGATTACTCAATCCAAACCCTAGCACGAGGCTGAGCTTCAACGAATTAATCAAGCTCTCGTGGTTTAAGAAGTCGTTCTCGCAGGAGAATCTGAGGTCTCAAAGCGACAACAAGGTGGGATCGGAGTTTCTCGATCCTAAAGGGTTCAAATTCATAACTAGAGCGGATGTTTTCTACTTGATCTCGATGTCGTCGGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779946.1
MHRRVLEFPYWVSELAKIVIYRLLNPNPSTRLSFNELIKLSWFKKSFSQENLRSQSDNKVGSEFLDPKGFKFITRADVFYLISMSSGLNLSGLFEEEGSSKEMRFTNAMAVVEIEEKVRKAGLEFGCTVERRKGGGIRLVKGMAVAVVVEIWEVAAELWLVELRLIDGGAAKFGEEGSTQPSKNNNQFQNQISNFMIWKRRWQS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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