Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003894`

染色体: Chr08 坐标: 46269556-46270452 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G003894`
名称	SmilChr08G003894
描述	cytochrome b6
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	46269556 - 46270452 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998550`
GeneID	`130998550`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998550`
原始查询	`LOC130998550`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	cytochrome b6
产物	cytochrome b6
Arabidopsis	`ATCG00720` (petB) cytochrome b6 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844729] identity=97.7; qcov=0.931; evalue=2.45e-154; confidence=high
Rice	`gene-cob` (cob) - identity=34.4; qcov=0.818; evalue=8.99e-34; confidence=low
GO	GO:0009055 (electron transfer activity); GO:0016020 (membrane); GO:0022904 (respiratory electron transport chain)
KEGG	smil00195 (Photosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00033 (Cytochrome_B); PF13631 (Cytochrom_B_N_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998550

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion membrane	线粒体膜	0.80000	`XP_057779948.1`
2	Mitochondrion inner membrane	线粒体内膜	0.80000	`XP_057779948.1`
3	Mitochondrion	线粒体	0.60000	`XP_057779948.1`
4	Chloroplast	叶绿体	0.40000	`XP_057779948.1`
5	Chloroplast thylakoid	类囊体	0.40000	`XP_057779948.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变，或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779948.1

231 aa

116

231

Cytochrome_B

Cytochrom_B_N_2

PF00033 Cytochrome_B 38-226 aa PF13631 Cytochrom_B_N_2 108-227 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057779948.1`	Pfam	`PF00033`	Cytochrome_B	Domain	38	226	2.4e-84	282.6	Cytochrome b/b6/petB
`XP_057779948.1`	Pfam	`PF13631`	Cytochrom_B_N_2	Domain	108	227	4.6e-37	128.3	Cytochrome b(N-terminal)/b6/petB

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923965.1
CGAGATGAAAGTTTCATATACGGTTCTAAGGGGGGGATTTTCACCTATCTCAATAAAGTCTATGATTGGTTCGAAGAACGTCTTGAGATTCAGGCGATTGCGGATGATATAACTAGTAAATATGTTCCTCCCCATGTCAATATATTTTATTGTTTAGGGGGAATTACTCTTACTTGTTTTTTAGTACAAGTAGCTACGGGGTTTGCTATGACTTTTTACTATCGTCCGACCGTTACTGAAGCTTTTGCCTCTGTTCAATA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998550
CGAGATGAAAGTTTCATATACGGTTCTAAGGGGGGGATTTTCACCTATCTCAATAAAGTCTATGATTGGTTCGAAGAACGTCTTGAGATTCAGGCGATTGCGGATGATATAACTAGTAAATATGTTCCTCCCCATGTCAATATATTTTATTGTTTAGGGGGAATTACTCTTACTTGTTTTTTAGTACAAGTAGCTACGGGGTTTGCTATGACTTTTTACTATCGTCCGACCGTTACTGAAGCTTTTGCCTCTGTTCAATA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057779948.1
RDESFIYGSKGGIFTYLNKVYDWFEERLEIQAIADDITSKYVPPHVNIFYCLGGITLTCFLVQVATGFAMTFYYRPTVTEAFASVQYIMTEANFGWLIRSVHRWSASMMVLMMILHVFRVYLTGGFKKPRELTWVTGVVLGVLTASFGVTGYSLPRDQIGYWAVKIVTGVPEAIPVIGSPLVELLRGSASVGQSTLTRFYSLHTFVLPLLTAVFMLMHFPMIRKQGISGPL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器