Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G004018`

染色体: Chr08 坐标: 48620887-48621399 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G004018`
名称	SmilChr08G004018
描述	uncharacterized SmilChr08G004018
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	48620887 - 48621399 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998580`
GeneID	`130998580`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998580`
原始查询	`LOC130998580`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os11g0303800; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os11g0303800; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT5G41220` (GSTT3) glutathione S-transferase THETA 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834124] identity=23.2; qcov=0.835; evalue=4.19e-10; confidence=weak
Rice	`Os11g0303800` - identity=26.4; qcov=0.935; evalue=3.2e-11; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998580

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057779980.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057779980.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057779980.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057779980.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057779980.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:48620892`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B33
`Chr8:48620894`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	9	A15,B109,B37,B56,B6,B79,B88,B97,C70
`Chr8:48620896`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	9	A15,B109,B37,B56,B6,B79,B88,B97,C70
`Chr8:48620904`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	4	B103,B119,B72,B74
`Chr8:48620904`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B103,B119,B72,B74
`Chr8:48620915`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B138,B74,C66
`Chr8:48620919`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C37
`Chr8:48620934`	`CT`	`*`	1bp_deletion	CDS_variant	1	A20
`Chr8:48620939`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	6	A16,B104,B139,B37,C75,C8
`Chr8:48620968`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C45,D5
`Chr8:48620976`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B73
`Chr8:48620991`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	23	A13,A23,A5,A6,B110,B132,B136,B139,B21,B26,B3,B5,B50,B60,B61,B88,B89,C12,C37,C40,C5,C56,C72

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923997.1
ATGGGGTTTGCTCCGTTCTTGCAAGCCTTAAATATCTTGACTACGAAAAATCTTCCAACGCCGGCAGCGCTCCCAAACGTCCAAGAAGAGTCGAAGGAGAAGCCGAAGTCCAAGACGACCTGCACCCAATACTCTGGCGAAGAGACCGAGCTCGTAGCAATATTGTGGGCGGAGGCTACCCATAATCCTATTTTGGGAACGTCCCAAAGGTGGCTCCAATATTGGGGTTCAATCATCGAGAAGTACAATAACCTCAAACC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998580
ATGGGGTTTGCTCCGTTCTTGCAAGCCTTAAATATCTTGACTACGAAAAATCTTCCAACGCCGGCAGCGCTCCCAAACGTCCAAGAAGAGTCGAAGGAGAAGCCGAAGTCCAAGACGACCTGCACCCAATACTCTGGCGAAGAGACCGAGCTCGTAGCAATATTGTGGGCGGAGGCTACCCATAATCCTATTTTGGGAACGTCCCAAAGGTGGCTCCAATATTGGGGTTCAATCATCGAGAAGTACAATAACCTCAAACC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057779980.1
MGFAPFLQALNILTTKNLPTPAALPNVQEESKEKPKSKTTCTQYSGEETELVAILWAEATHNPILGTSQRWLQYWGSIIEKYNNLKPVGAPRRKPDHLKSHFARVQKDVKIWEGFYNTCKDNWGSGMSDDQIIEQAQTMYEANHRKRFGYIKAWKVLRECERFSSQAADV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器