Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G004099`

染色体: Chr08 坐标: 49680341-49681270 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G004099`
名称	SmilChr08G004099
描述	uncharacterized SmilChr08G004099
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	49680341 - 49681270 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998609`
GeneID	`130998609`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998609`
原始查询	`LOC130998609`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	P0604E01.25; symbol=P0604E01.25; hit=Os08g0561000; species=rice; confidence=low
产物	P0604E01.25; symbol=P0604E01.25; hit=Os08g0561000; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT1G66235` (AT1G66235) no-apical-meristem-associated carboxy-terminal domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842939] identity=23.5; qcov=0.484; evalue=7.68e-11; confidence=weak
Rice	`Os08g0561000` (P0604E01.25) - identity=28.9; qcov=0.608; evalue=4.8e-17; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998609

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057780006.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057780006.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057780006.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057780006.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057780006.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:49680371`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B33,C87,D1
`Chr8:49680372`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C70
`Chr8:49680508`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B105
`Chr8:49680517`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	41	A1,A13,A21,A7,B102,B103,B115,B118,B121,B123,B128,B14,B16,B27,B30,B52,B61,B67,B68,B69,B72,B76,B79,B90,B92,C11,C17,C18,C2,C30,C52,C58,C60,C65,C69,C78,C81,C83,D1,D5,D9
`Chr8:49680570`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr8:49680587`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr8:49680640`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C54
`Chr8:49680657`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A4,B102,C22
`Chr8:49680669`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	57	A16,A20,A21,A22,A25,A4,A9,B101,B111,B117,B133,B134,B2,B20,B21,B23,B31,B32,B35,B36,B4,B44,B62,B63,B64,B68,B76,B8,B81,B82,B85,B88,B91,B96,B99,C15,C24,C26,C31,C32,C35,C37,C4,C40,C48,C54,C55,C60,C62,C64,C71,C79,C80,C86,C9,D3,D8
`Chr8:49680680`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B122,B128
`Chr8:49680754`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A9,B114,C15
`Chr8:49680758`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C59

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057924023.1
ATGGAAGGAGATTGGAAAAATTATTGGCATGAACACCCCCAAAATTCATCTCCCGGTGAATCAAATGCATCCGACCAAGGATTCTCGCCATTCACGCAAGAATCAAATGTCTTTCGATCGGCCACCAATTTGAACGCTCGATTTGCCGCGGCGGCCGACCCCGAGCCCGACGGGGAGGAGATTGCTTCTATGCCGGCGACCACCAAACAACGTAGTAACTACCGTCCGTCGGAAACGATACTCATATGTCGTTTGTATCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998609
ATGGAAGGAGATTGGAAAAATTATTGGCATGAACACCCCCAAAATTCATCTCCCGGTGAATCAAATGCATCCGACCAAGGATTCTCGCCATTCACGCAAGAATCAAATGTCTTTCGATCGGCCACCAATTTGAACGCTCGATTTGCCGCGGCGGCCGACCCCGAGCCCGACGGGGAGGAGATTGCTTCTATGCCGGCGACCACCAAACAACGTAGTAACTACCGTCCGTCGGAAACGATACTCATATGTCGTTTGTATCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057780006.1
MEGDWKNYWHEHPQNSSPGESNASDQGFSPFTQESNVFRSATNLNARFAAAADPEPDGEEIASMPATTKQRSNYRPSETILICRLYLEHTHDSVVGINQKSKEYWGAICAAYNAQRPQGAIPRDIQQIKSHFQRVAKDCKRWEALYKKCHDNWASDMSDDQIIEQTEKMWIAEFQAKFRYPYVWKVLRESKKFASIGEDVHSDKRSKGSDGQGTTTSSDQSISTRPQGQKAAKRDKGKGKKKVEETSEENARALGYMVEM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器