当前解析结果
SmilChr08G004108| 统一基因 ID | SmilChr08G004108 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G004108 |
| 描述 | auxin transporter protein 1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 49852988 - 49853536 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130998611 |
|---|---|
| GeneID | 130998611 |
| locus_tag | - |
| NCBI 名称 | LOC130998611 |
| 原始查询 | LOC130998611 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | auxin transporter protein 1-like |
| 产物 | auxin transporter protein 1-like |
| 拟南芥 | AT2G38120 (AUX1)Transmembrane amino acid transporter family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818390] identity=86.84; qcov=0.974; evalue=9.85e-96; confidence=high |
| 水稻 | Os01g0856500 (OsLAX1)- identity=85.43; qcov=0.968; evalue=7.55e-97; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01490 (Aa_trans) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130998611 |
预测得分表示模型支持程度,不能作为定位概率;所有候选均需实验验证。
当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五组模型的定位判定;当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选,预测得分表示模型支持程度,不是校准概率,也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签,应谨慎解读其在植物中的适用性。 四舍五入后概率与阈值相等的481条记录已按未舍入模型值再次复核,原始投票全部一致。
| 排序 | 定位位置 | 预测得分 | 蛋白 ID |
|---|---|---|---|
| 1 | 细胞膜 | 1.00000 | SmilChr08G004108.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | 参考等位基因 | 变异等位基因 | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:49853000 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 16 | A1,A16,A23,A25,B100,B37,B42,B43,B54,B57,B67,B83,C31,C49,C57,C6 |
Chr8:49853026 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B132,B47,B55 |
Chr8:49853048 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B107 |
Chr8:49853054 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr8:49853085 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B41,B71,B89,C70 |
Chr8:49853101 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B132,B47,B55,C22 |
Chr8:49853111 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B130,B62 |
Chr8:49853147 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C31,C57 |
Chr8:49853155 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B1 |
Chr8:49853177 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B130,B62 |
Chr8:49853183 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C65 |
Chr8:49853219 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B132,B47,B55 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
SmilChr08G004108.1PF01490
Aa_trans 1-120 aa
| 蛋白 ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | 得分 | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr08G004108.1XP_057780008.1 |
Pfam | PF01490 |
Aa_trans | Domain | 1 | 120 | 7.6e-23 | 81.5 | Transmembrane amino acid transporter protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。蛋白及对应 CDS 使用“基因 ID.序号”;序号在当前参考发布内固定,来源 accession 同时保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。