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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004144

染色体: Chr08 坐标: 50489106-50490008 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004144
名称SmilChr08G004144
描述uncharacterized SmilChr08G004144
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向50489106 - 50490008 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998621
GeneID130998621
locus_tag-
NCBI NameLOC130998621
原始查询LOC130998621

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述Zn-dependent exopeptidases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832189]; symbol=AT5G20660; hit=AT5G20660; species=arabidopsis; confidence=medium
产物Zn-dependent exopeptidases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832189]; symbol=AT5G20660; hit=AT5G20660; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT5G20660 (AT5G20660)
Zn-dependent exopeptidases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832189]
identity=47.3; qcov=0.759; evalue=9.53e-36; confidence=medium
RiceOs04g0519925
-
identity=50; qcov=0.544; evalue=8.41e-33; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998621

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057780017.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057780017.1
3 Nucleus membrane 核膜 0.20000 XP_057780017.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057780017.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780017.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:50489159 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B120,B75,B86,B9,C75
Chr8:50489200 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B41,B71,B89,C70
Chr8:50489212 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A15,C64,C67
Chr8:50489288 GGT G 2bp_deletion frameshift_variant 4 A19,B84,C71,D2
Chr8:50489288 GGT G 2bp_deletion CDS_variant 4 A19,B84,C71,D2
Chr8:50489319 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B36
Chr8:50489421 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 1 C13
Chr8:50489421 GT G 1bp_deletion CDS_variant 1 C13
Chr8:50489434 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B120,C75
Chr8:50489435 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B32
Chr8:50489867 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B120,B75,B86,B9,C75
Chr8:50489896 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B38,B39

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924034.1
AGATGAGACAGAGGGCTAAAGGTGCTTCTTTGAAGCCTAATCCAATTAGTTCTGCCACAAATCAAGAAAATAGTGGTGGAGAAGGGGAAAATTCGTTGAAGGATAAGAATGTAGCTCTGATTGCTAAGAGGTCAAGTTATGTAGTGTTTACATTGTTTGTGTTGGTTATATATGGGGCTTGGGGTGTGTATCATTACCAGTTTGAGAGTCTGCCTGTACCCTTGGCACTCGAGCATGTCGGAAAGAGAGGGTTTTCGGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998621
ATGAGACAGAGGGCTAAAGGTGCTTCTTTGAAGCCTAATCCAATTAGTTCTGCCACAAATCAAGAAAATAGTGGTGGAGAAGGGGAAAATTCGTTGAAGGATAAGAATGTAGCTCTGATTGCTAAGAGGTCAAGTTATGTAGTGTTTACATTGTTTGTGTTGGTTATATATGGGGCTTGGGGTGTGTATCATTACCAGTTTGAGAGTCTGCCTGTACCCTTGGCACTCGAGCATGTCGGAAAGAGAGGGTTTTCGGAGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057780017.1
MRQRAKGASLKPNPISSATNQENSGGEGENSLKDKNVALIAKRSSYVVFTLFVLVIYGAWGVYHYQFESLPVPLALEHVGKRGFSEHEAMKHVEALTQLGPHTVGSDALESAVKYVTEAAEIIKKTAHWEVNVEVDLFHVKSGANNMVELKSDDSDASSDDPASSATIAFFFANFCSLLAFISFHSDCVNSGHSD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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