Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G004166`

染色体: Chr08 坐标: 50969168-50969625 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G004166`
名称	SmilChr08G004166
描述	uncharacterized protein At2g29880-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	50969168 - 50969625 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998630`
GeneID	`130998630`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998630`
原始查询	`LOC130998630`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Myb/SANT-like DNA-binding domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832784]; symbol=AT5G27260; hit=AT5G27260; species=arabidopsis; confidence=low
产物	Myb/SANT-like DNA-binding domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832784]; symbol=AT5G27260; hit=AT5G27260; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT5G27260` (AT5G27260) Myb/SANT-like DNA-binding domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832784] identity=43.7; qcov=0.702; evalue=1.5e-16; confidence=low
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998630

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057780025.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057780025.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057780025.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057780025.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057780025.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:50969183`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B44,B68,B76
`Chr8:50969191`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B44
`Chr8:50969203`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	4	B1,B104,C1,C87
`Chr8:50969203`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	4	B1,B104,C1,C87
`Chr8:50969219`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A3,B100,B53
`Chr8:50969223`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A15,B99,C87
`Chr8:50969360`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A9,B114,C15
`Chr8:50969413`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B107
`Chr8:50969423`	`G`	`GA`	1bp_insertion	frameshift_variant	13	B1,B104,B112,B122,B14,B55,B93,C1,C13,C22,C38,C4,C87
`Chr8:50969465`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B107
`Chr8:50969493`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C8
`Chr8:50969536`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A25,B37,C31,C65

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057924042.1
ATGAAGTTTAACTCTGGTTTTGGCTATGACAACAATGCTAAAAAGTTCACGGTCTCAGATGAAGTATGGGAGGCGTACTGTCAGGCTCACCCAAAAGATGCATACTTGCGCTTGGGGAATTGTCTGGATTATTATGAGTTGGGAATTGTTGTTGGGAATGGTGTGGCTGTAGGAAAAAACTCAATTGAATTGGGTTGTGCTACTGATGCTAGGACATTAGGAGTTGATGAAAATAGAGCTCCGCACATAGAAGAATTGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998630
ATGAAGTTTAACTCTGGTTTTGGCTATGACAACAATGCTAAAAAGTTCACGGTCTCAGATGAAGTATGGGAGGCGTACTGTCAGGCTCACCCAAAAGATGCATACTTGCGCTTGGGGAATTGTCTGGATTATTATGAGTTGGGAATTGTTGTTGGGAATGGTGTGGCTGTAGGAAAAAACTCAATTGAATTGGGTTGTGCTACTGATGCTAGGACATTAGGAGTTGATGAAAATAGAGCTCCGCACATAGAAGAATTGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057780025.1
MKFNSGFGYDNNAKKFTVSDEVWEAYCQAHPKDAYLRLGNCLDYYELGIVVGNGVAVGKNSIELGCATDARTLGVDENRAPHIEELNYDAENEAFVGLAQDDPPSSRSKSPLVFPEVPDVSTQK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器