当前解析结果
SmilChr08G004171| 统一新 Gene ID | SmilChr08G004171 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G004171 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr08G004171 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 51017600 - 51018736 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130998631 |
|---|---|
| GeneID | 130998631 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130998631 |
| 原始查询 | LOC130998631 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=weak |
| 产物 | hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=weak |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os06g0523701- identity=48.6; qcov=0.228; evalue=3.17e-19; confidence=weak |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130998631 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057780026.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057780026.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057780026.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057780026.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057780026.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:51017605 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B126,B27,B43,C11,C84 |
Chr8:51017608 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B14 |
Chr8:51017617 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A24,B54,C53,D9 |
Chr8:51017630 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 9 | A25,B126,B130,B49,B52,B92,B94,C65,C80 |
Chr8:51017678 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B104,B23,B75,C42 |
Chr8:51017680 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B135,B21,C3 |
Chr8:51017707 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr8:51017709 |
AG |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 2 | B135,B21 |
Chr8:51017709 |
AG |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 2 | B135,B21 |
Chr8:51017719 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B104,B107,B14 |
Chr8:51017751 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C4 |
Chr8:51017790 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 28 | A11,A8,B103,B107,B114,B120,B13,B140,B57,B65,B67,B81,C11,C13,C14,C15,C20,C27,C41,C50,C51,C59,C63,C69,C81,C82,C87,C9 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。