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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004261

染色体: Chr08 坐标: 52094082-52094585 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004261
名称SmilChr08G004261
描述uncharacterized SmilChr08G004261
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向52094082 - 52094585 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998649
GeneID130998649
locus_tag-
NCBI NameLOC130998649
原始查询LOC130998649

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998649

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057780047.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780047.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057780047.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057780047.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057780047.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:52094091 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D2
Chr8:52094100 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A14,A21,B50,C43
Chr8:52094112 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A14,B38,B66,B79
Chr8:52094122 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D2
Chr8:52094144 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A23,B59,C59
Chr8:52094172 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B136
Chr8:52094172 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B136
Chr8:52094186 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C42
Chr8:52094236 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A14,B113,B50,C43,C86
Chr8:52094246 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B50
Chr8:52094250 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 15 A1,A6,B113,B29,B5,B57,B69,B74,B83,B95,C19,C32,C68,C7,C79
Chr8:52094274 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 30 B105,B106,B107,B110,B127,B2,B23,B27,B42,B43,B5,B56,B7,B74,B76,B86,B96,C13,C16,C20,C28,C35,C48,C52,C69,C74,C8,D11,D2,D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924064.1
ATGAATCTCGACACTATTCCCCATAAGTACGTTGCGGCGAGATGGTGCAAGTATAGCATCTTGTGTCCAAATGATTCAACAGATCAAGTGCAAAATCATGACAAGCATTCCAAATCTAATTTGGAGCTTCGCATATTCAAGATTGCGAGTGAATCCATTGGATACGTTAGGGGCAATGAAGAGTTGTGTAACCAATTATATGAGAATCTCATTGAAGTTAGGGACAAGTTTGCCAAGCTCGGAACTCCGGAGAACTCATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998649
ATGAATCTCGACACTATTCCCCATAAGTACGTTGCGGCGAGATGGTGCAAGTATAGCATCTTGTGTCCAAATGATTCAACAGATCAAGTGCAAAATCATGACAAGCATTCCAAATCTAATTTGGAGCTTCGCATATTCAAGATTGCGAGTGAATCCATTGGATACGTTAGGGGCAATGAAGAGTTGTGTAACCAATTATATGAGAATCTCATTGAAGTTAGGGACAAGTTTGCCAAGCTCGGAACTCCGGAGAACTCATC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057780047.1
MNLDTIPHKYVAARWCKYSILCPNDSTDQVQNHDKHSKSNLELRIFKIASESIGYVRGNEELCNQLYENLIEVRDKFAKLGTPENSSLSKNRIFDEFYGSSPTETPSVLPPDVAKTKGSGAGGRRKSEKEKAMLLAQKPKRLCRKCKTRGHHDSRNCPTKDDADLSS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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