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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004268

染色体: Chr08 坐标: 52146457-52148648 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004268
名称SmilChr08G004268
描述uncharacterized protein At2g34160-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向52146457 - 52148648 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998651
GeneID130998651
locus_tag-
NCBI NameLOC130998651
原始查询LOC130998651

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Alba DNA/RNA-binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817977]; symbol=AT2G34160; hit=AT2G34160; species=arabidopsis; confidence=medium
产物Alba DNA/RNA-binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817977]; symbol=AT2G34160; hit=AT2G34160; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT2G34160 (AT2G34160)
Alba DNA/RNA-binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817977]
identity=73.6; qcov=0.853; evalue=9.5e-43; confidence=medium
RiceOs06g0602600
-
identity=80.5; qcov=0.755; evalue=9.73e-42; confidence=medium
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005634 (nucleus)
KEGG-
PfamPF01918 (Alba); PF12328 (Rpp20)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998651

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057780049.1
2 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057780049.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057780049.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780049.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057780049.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780049.1
102 aa
N
1
51
102
Alba
Rpp20
C
PF01918 Alba 13-55 aa PF12328 Rpp20 16-66 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057780049.1 Pfam PF01918 Alba Domain 13 55 3.4e-09 37.0 Alba
XP_057780049.1 Pfam PF12328 Rpp20 Family 16 66 7.3e-06 26.6 Rpp20 subunit of nuclear RNase MRP and P

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924066.1
ATGATCGTAAGTTTAACTCAATTACTCAATTACATTACAAAGAGGTATATGCAGCAACACAGTGAGGTGGAGCTTTCCGGACTTGGCATGGCAATCTCAACAGTTGTCTCAGTTGCTGAAATTCTGAAGAACAATGGATTTGCTGTTGAGAAGAAAATCATGACATCGACTGTGGAGATAAAGGATGATTCTCGGGGAAGGCCCGTTCAAAAAGCCAAGATTGAAGTAGTACTTGGGAAAACAGCAAATTTTGATGAGTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998651
ATGATCGTAAGTTTAACTCAATTACTCAATTACATTACAAAGAGGTATATGCAGCAACACAGTGAGGTGGAGCTTTCCGGACTTGGCATGGCAATCTCAACAGTTGTCTCAGTTGCTGAAATTCTGAAGAACAATGGATTTGCTGTTGAGAAGAAAATCATGACATCGACTGTGGAGATAAAGGATGATTCTCGGGGAAGGCCCGTTCAAAAAGCCAAGATTGAAGTAGTACTTGGGAAAACAGCAAATTTTGATGAGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057780049.1
MIVSLTQLLNYITKRYMQQHSEVELSGLGMAISTVVSVAEILKNNGFAVEKKIMTSTVEIKDDSRGRPVQKAKIEVVLGKTANFDELMAVAQEGRENGNDEE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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