当前解析结果
SmilChr08G004440| 统一基因 ID | SmilChr08G004440 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G004440 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr08G004440 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 54077347 - 54078099 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130998683 |
|---|---|
| GeneID | 130998683 |
| locus_tag | - |
| NCBI 名称 | LOC130998683 |
| 原始查询 | LOC130998683 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814794]; symbol=AT2G02650; hit=AT2G02650; species=arabidopsis; confidence=low |
| 产物 | Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814794]; symbol=AT2G02650; hit=AT2G02650; species=arabidopsis; confidence=low |
| 拟南芥 | AT2G02650 (AT2G02650)Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814794] identity=28.89; qcov=0.856; evalue=2.93e-18; confidence=low |
| 水稻 | Os01g0930300- identity=21.61; qcov=0.872; evalue=3.1e-09; confidence=weak |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF13456 (RVT_3) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130998683 |
预测得分表示模型支持程度，不能作为定位概率；所有候选均需实验验证。
当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五组模型的定位判定；当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选，预测得分表示模型支持程度，不是校准概率，也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签，应谨慎解读其在植物中的适用性。 四舍五入后概率与阈值相等的481条记录已按未舍入模型值再次复核，原始投票全部一致。
| 排序 | 定位位置 | 预测得分 | 蛋白 ID |
|---|---|---|---|
| 1 | 细胞质 | 1.00000 | SmilChr08G004440.1 |
| 2 | 细胞核 | 0.40000 | SmilChr08G004440.1 |
| 3 | 细胞质基质 | 0.40000 | SmilChr08G004440.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | 参考等位基因 | 变异等位基因 | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:54077390 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B12,B4,B93,C28,C70 |
Chr8:54077446 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B107,B131 |
Chr8:54077475 |
GC |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 25 | A10,A5,B108,B110,B121,B139,B27,B3,B34,B5,B69,B72,B73,B79,B85,B95,C3,C31,C6,C76,C77,C78,D1,D4,D8 |
Chr8:54077540 |
AC |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 23 | A18,A4,B137,B138,B19,B28,B34,B51,B68,B69,B8,B88,C19,C2,C20,C37,C42,C47,C58,C7,C84,D10,D5 |
Chr8:54077550 |
C |
CT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 22 | A4,B137,B138,B19,B28,B34,B51,B68,B69,B8,B88,C19,C2,C20,C37,C42,C47,C58,C7,C84,D10,D5 |
Chr8:54077599 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr8:54077611 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D6 |
Chr8:54077627 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B140 |
Chr8:54077659 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B137,B30,B46 |
Chr8:54077662 |
AC |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 3 | B137,B30,B46 |
Chr8:54077662 |
AC |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 3 | B137,B30,B46 |
Chr8:54077671 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B137,B30,B46 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
SmilChr08G004440.1PF13456
RVT_3 100-222 aa
| 蛋白 ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | 得分 | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr08G004440.1XP_057780078.1 |
Pfam | PF13456 |
RVT_3 | Domain | 100 | 222 | 2.3e-17 | 63.8 | Reverse transcriptase-like |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。蛋白及对应 CDS 使用“基因 ID.序号”；序号在当前参考发布内固定，来源 accession 同时保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。