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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G004499`

染色体: Chr08 坐标: 54614993-54615295 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G004499`
名称	SmilChr08G004499
描述	E3 ubiquitin-protein ligase RHA2A-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	54614993 - 54615295 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998692`
GeneID	`130998692`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998692`
原始查询	`LOC130998692`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	E3 ubiquitin-protein ligase RHA2A-like
产物	E3 ubiquitin-protein ligase RHA2A-like
Arabidopsis	`AT3G51325` (AT3G51325) RING/U-box superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:2745959] identity=44; qcov=0.75; evalue=2.4e-13; confidence=low
Rice	`Os04g0243700` (OsCTR1) - identity=36.8; qcov=1.14; evalue=1.94e-16; confidence=low
GO	GO:0006511 (ubiquitin-dependent protein catabolic process); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0061630 (ubiquitin protein ligase activity)
KEGG	-
Pfam	PF00097 (zf-C3HC4); PF12678 (zf-rbx1); PF12861 (zf-ANAPC11); PF13639 (zf-RING_2); PF13923 (zf-C3HC4_2); PF17123 (zf-RING_11)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998692

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057780086.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057780086.1`
3	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057780086.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057780086.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057780086.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:54615067`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B10,B104
`Chr8:54615082`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B13,B91
`Chr8:54615158`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B13,B91
`Chr8:54615172`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B10,B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780086.1

100 aa

100

zf-rbx1

zf-RING_11

zf-C3HC4_2

zf-RING_2

zf-C3HC4

zf-ANAPC11

PF12678 zf-rbx1 32-76 aa PF17123 zf-RING_11 33-59 aa PF13923 zf-C3HC4_2 33-75 aa PF13639 zf-RING_2 33-76 aa PF00097 zf-C3HC4 34-75 aa PF12861 zf-ANAPC11 49-80 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057780086.1`	Pfam	`PF12678`	zf-rbx1	Domain	32	76	1.8e-08	35.2	RING-H2 zinc finger domain
`XP_057780086.1`	Pfam	`PF17123`	zf-RING_11	Domain	33	59	1.6e-08	34.8	RING-like zinc finger
`XP_057780086.1`	Pfam	`PF13923`	zf-C3HC4_2	Domain	33	75	2e-09	37.8	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
`XP_057780086.1`	Pfam	`PF13639`	zf-RING_2	Domain	33	76	9.5e-11	42.5	Ring finger domain
`XP_057780086.1`	Pfam	`PF00097`	zf-C3HC4	Domain	34	75	3.4e-09	37.1	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
`XP_057780086.1`	Pfam	`PF12861`	zf-ANAPC11	Domain	49	80	7.4e-07	29.8	Anaphase-promoting complex subunit 11 RING-H2 finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057924103.1
ATGGGGTTGAAGAAGTTGATCTCACACATGCTCACTCTCTTCTTGGGTCCAAACAAGGTGAGTAGCATGCGGCGCGGCGGCTCTCCGGCGGCGGCGGAGTGCGCCGTGTGCCTGTCGAGCTTGGAGGGCGGGACGACGGTGCTGCCGTGCCGGCACGAATTCCACGTGGAGTGCGTGGAGAGATGGCTGGCGGCGCCGCATTTCAAGAACACGTGCCCCATCTGCAGGTTTTGTATGGAACAAGAGTGCTTCACTGAGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998692
ATGGGGTTGAAGAAGTTGATCTCACACATGCTCACTCTCTTCTTGGGTCCAAACAAGGTGAGTAGCATGCGGCGCGGCGGCTCTCCGGCGGCGGCGGAGTGCGCCGTGTGCCTGTCGAGCTTGGAGGGCGGGACGACGGTGCTGCCGTGCCGGCACGAATTCCACGTGGAGTGCGTGGAGAGATGGCTGGCGGCGCCGCATTTCAAGAACACGTGCCCCATCTGCAGGTTTTGTATGGAACAAGAGTGCTTCACTGAGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057780086.1
MGLKKLISHMLTLFLGPNKVSSMRRGGSPAAAECAVCLSSLEGGTTVLPCRHEFHVECVERWLAAPHFKNTCPICRFCMEQECFTEEMLIWFSSFHVAGF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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