当前解析结果
SmilChr08G004545| 统一新 Gene ID | SmilChr08G004545 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G004545 |
| 描述 | cytochrome P450 71A1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 55046632 - 55047027 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130998710 |
|---|---|
| GeneID | 130998710 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130998710 |
| 原始查询 | LOC130998710 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | cytochrome P450 71A1-like |
| 产物 | cytochrome P450 71A1-like |
| Arabidopsis | AT3G26330 (CYP71B37)cytochrome P450, family 71, subfamily B, polypeptide 37 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822237] identity=53.2; qcov=0.947; evalue=3.85e-41; confidence=medium |
| Rice | Os08g0105400- identity=51.2; qcov=0.954; evalue=4.13e-41; confidence=medium |
| GO | GO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00067 (p450) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130998710 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Peroxisome | 过氧化物酶体 | 0.60000 | XP_057780104.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.40000 | XP_057780104.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057780104.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057780104.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057780104.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:55046768 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A9,B128,B140 |
Chr8:55046773 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B14,B46,B50,C87 |
Chr8:55046916 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B76 |
Chr8:55046923 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C8 |
Chr8:55046972 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D8 |
Chr8:55046982 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | C34 |
Chr8:55046982 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C34 |
Chr8:55046992 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B117,B16,C22,C57 |
Chr8:55047010 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B117,C34,C44 |
Chr8:55047014 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B117,B16,C22,C57,C69 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057780104.1PF00067
p450 1-125 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057780104.1 |
Pfam | PF00067 |
p450 | Domain | 1 | 125 | 2.1e-42 | 146.2 | Cytochrome P450 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。