Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G004565`

染色体: Chr08 坐标: 55246803-55249427 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G004565`
名称	SmilChr08G004565
描述	putative late blight resistance protein homolog R1B-16
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	55246803 - 55249427 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998719`
GeneID	`130998719`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998719`
原始查询	`LOC130998719`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative late blight resistance protein homolog R1B-16
产物	putative late blight resistance protein homolog R1B-16
Arabidopsis	`AT5G43470` (RPP8) Disease resistance protein (CC-NBS-LRR class) family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834367] identity=25.2; qcov=1.01; evalue=9.04e-55; confidence=low
Rice	`Os07g0186500` - identity=29; qcov=1; evalue=5.75e-81; confidence=low
GO	GO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG	-
Pfam	PF00931 (NB-ARC); PF23559 (WHD_DRP); PF23598 (LRR_14)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998719

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	0.80000	`XP_057780112.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057780112.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057780112.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057780112.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057780112.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:55246961`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	159	A1,A11,A15,A16,A19,A2,A21,A23,A24,A25,A4,A6,A7,A8,B10,B103,B104,B105,B107,B108,B109,B111,B112,B114,B117,B118,B119,B12,B120,B121,B122,B123,B124,B125,B127,B128,B129,B13,B130,B131,B132,B134,B135,B137,B139,B140,B15,B17,B18,B19,B21,B23,B26,B28,B29,B31,B32,B34,B36,B38,B39,B4,B40,B41,B42,B43,B45,B46,B47,B49,B5,B50,B52,B55,B56,B58,B59,B6,B63,B64,B65,B67,B69,B71,B72,B75,B76,B79,B81,B82,B83,B84,B86,B9,B90,B91,B92,B95,B96,B97,B99,C1,C10,C11,C12,C13,C14,C16,C18,C2,C20,C21,C24,C25,C27,C29,C3,C33,C34,C35,C36,C37,C39,C4,C40,C41,C42,C43,C44,C47,C49,C5,C52,C53,C54,C56,C57,C61,C62,C65,C66,C69,C7,C72,C73,C74,C75,C76,C77,C79,C83,C85,C87,C9,D11,D3,D5,D8,D9
`Chr8:55246964`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	159	A1,A11,A15,A16,A19,A2,A21,A23,A24,A25,A4,A6,A7,A8,B10,B103,B104,B105,B107,B108,B109,B111,B112,B114,B117,B118,B119,B12,B120,B121,B122,B123,B124,B125,B127,B128,B129,B13,B130,B131,B132,B134,B135,B137,B139,B140,B15,B17,B18,B19,B21,B23,B26,B28,B29,B31,B32,B34,B36,B38,B39,B4,B40,B41,B42,B43,B45,B46,B47,B49,B5,B50,B52,B55,B56,B58,B59,B6,B63,B64,B65,B67,B69,B71,B72,B75,B76,B79,B81,B82,B83,B84,B86,B9,B90,B91,B92,B95,B96,B97,B99,C1,C10,C11,C12,C13,C14,C16,C18,C2,C20,C21,C24,C25,C27,C29,C3,C33,C34,C35,C36,C37,C39,C4,C40,C41,C42,C43,C44,C47,C49,C5,C52,C53,C54,C56,C57,C61,C62,C65,C66,C69,C7,C72,C73,C74,C75,C76,C77,C79,C83,C85,C87,C9,D11,D3,D5,D8,D9
`Chr8:55247015`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B29,B38
`Chr8:55247071`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A8,D6
`Chr8:55247137`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B83
`Chr8:55247139`	`A`	`ATG`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	B83
`Chr8:55247139`	`A`	`ATG`	2bp_insertion	CDS_variant	1	B83
`Chr8:55247246`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	10	A19,B49,B53,B60,C23,C32,C49,C68,C78,D10
`Chr8:55247250`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	10	A19,B49,B53,B60,C23,C32,C49,C68,C78,D10
`Chr8:55247299`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A4
`Chr8:55247304`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,B30
`Chr8:55247314`	`G`	`GA`	1bp_insertion	frameshift_variant	4	B4,C12,C3,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780112.1

874 aa

437

874

NB-ARC

WHD_DRP

LRR_14

PF00931 NB-ARC 151-314 aa PF23559 WHD_DRP 397-467 aa PF23598 LRR_14 547-798 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057780112.1`	Pfam	`PF00931`	NB-ARC	Domain	151	314	2.4e-35	122.3	NB-ARC domain
`XP_057780112.1`	Pfam	`PF23559`	WHD_DRP	Domain	397	467	3.6e-15	56.5	Disease resistance protein Winged helix domain
`XP_057780112.1`	Pfam	`PF23598`	LRR_14	Repeat	547	798	6.5e-14	52.2	Leucine-rich repeat region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057924129.1
ATGGCAGCATACGCAGCTGTTGTTTCTCTCATGAATAATCTGGAGCAGATCGGGAATCATCCTCGCCTCTCCAGTTGTTTCGACGACAACCAGATCCAATCTCTTGGCGAAAAACTAGCTTTCTTGCTGGAATTCGTAGAGGGCGTCGGAATTGCAAGCGAAGAAGTTAAAGGTTTGGAGAGGCGAATCGCATCAGCTGCTCACGCAGCAGAGGATGTAATTGAATCGCGCGTAGTGGATCAAATTCATGCTGGATTCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998719
ATGGCAGCATACGCAGCTGTTGTTTCTCTCATGAATAATCTGGAGCAGATCGGGAATCATCCTCGCCTCTCCAGTTGTTTCGACGACAACCAGATCCAATCTCTTGGCGAAAAACTAGCTTTCTTGCTGGAATTCGTAGAGGGCGTCGGAATTGCAAGCGAAGAAGTTAAAGGTTTGGAGAGGCGAATCGCATCAGCTGCTCACGCAGCAGAGGATGTAATTGAATCGCGCGTAGTGGATCAAATTCATGCTGGATTCCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057780112.1
MAAYAAVVSLMNNLEQIGNHPRLSSCFDDNQIQSLGEKLAFLLEFVEGVGIASEEVKGLERRIASAAHAAEDVIESRVVDQIHAGFQDNGPIFSIDLQMIMQGMSLIQEEVAKVEKERPYQVQQPTRHSRAGRFSSERNFMLGFDEVHLQLLDRLTGGTRDRNIIPIVGMGGTGKTTLAKHCYEHHLTKEHFDVRAWASVSLDYNVRGLLLELLSCLIGSTNKVVESTVDELGEGLHKHLTRRRYLIILDDMWSVECWNQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器