同源 qcov 为最佳单个 HSP 在查询序列上的坐标跨度/序列长度;置信度是规则分级,不是已验证的正交关系。

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及有 accession 序列支持的文献基因名查询;未闭环名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004594

染色体: Chr08 坐标: 55514687-55515415 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004594
名称SmilChr08G004594
描述probable disease resistance protein At1g58602
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向55514687 - 55515415 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998730
GeneID130998730
locus_tag-
NCBI NameLOC130998730
原始查询LOC130998730

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable disease resistance protein At1g58602
产物probable disease resistance protein At1g58602
ArabidopsisAT1G59218 (AT1G59218)
Disease resistance protein (CC-NBS-LRR class) family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842234]
identity=34.31; qcov=0.417; evalue=1.51e-07; confidence=low
RiceOs11g0654100
-
identity=29.53; qcov=0.682; evalue=3.64e-10; confidence=low
GOGO:0006457 (protein folding); GO:0043014 (alpha-tubulin binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998730

打开注释模块

非零投票定位候选(最多五项)

Rank定位位置中文五折投票比例Protein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057780121.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057780121.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057780121.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:55514801 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,D10
Chr8:55514815 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 16 B137,B139,B18,B51,B52,B60,B73,B75,C20,C45,C54,C6,C71,C85,D2,D3
Chr8:55514857 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B49,C68
Chr8:55514873 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A18,B22,B38
Chr8:55514916 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 D6
Chr8:55514916 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 D6
Chr8:55514926 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A18,B102,B73
Chr8:55514928 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B70,C83
Chr8:55514931 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C8,C82
Chr8:55514951 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B140,B73,B77,B80,C32
Chr8:55514962 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 15 B115,B117,B122,B124,B133,B41,B61,B94,C22,C25,C3,C38,C5,C80,D4
Chr8:55514979 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B19

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924138.1
ATGTCACAACTCAGGCACGTCGTGTGCAACGAAATTTGTCTCCCTGATCCTCCTCCGAGTGACCAGGAAGATGATGCTTGTGTCTTGAGAAACTTGCAAACACTTGTGCAAGTAGTGAATTTCAGATGGACGGAGGAGGCGTGCAAGAGAATTCCCAACATCAAGAAATTGCGCGTGGTTTTTGATGATGTCTTGACAGATTACGAAGATTGCTTGTGCTTACACTATCTCCACAATCTCTGCTCTTTACAGAAGCTCGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
lcl|NC_080394.1_cds_XP_057780121.1_45868
ATGTCACAACTCAGGCACGTCGTGTGCAACGAAATTTGTCTCCCTGATCCTCCTCCGAGTGACCAGGAAGATGATGCTTGTGTCTTGAGAAACTTGCAAACACTTGTGCAAGTAGTGAATTTCAGATGGACGGAGGAGGCGTGCAAGAGAATTCCCAACATCAAGAAATTGCGCGTGGTTTTTGATGATGTCTTGACAGATTACGAAGATTGCTTGTGCTTACACTATCTCCACAATCTCTGCTCTTTACAGAAGCTCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057780121.1
MSQLRHVVCNEICLPDPPPSDQEDDACVLRNLQTLVQVVNFRWTEEACKRIPNIKKLRVVFDDVLTDYEDCLCLHYLHNLCSLQKLESLNMRFPFCISRYPVDLLSKRLAFPTRLNKLCLRNCSLTREDLATIGSLQHLQVLELEHSSFLGGEWSTFNCEFPCLKFLRIDGCDVVCWAADTSAFRVLEKLVARDLWQLQEIPVENNYKVKNSSIQKSEIAVAKSPCISQILTKDPLIIGILV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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