Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G004634`

染色体: Chr08 坐标: 55847230-55848237 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G004634`
名称	SmilChr08G004634
描述	uncharacterized SmilChr08G004634
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	55847230 - 55848237 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998754`
GeneID	`130998754`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998754`
原始查询	`LOC130998754`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	nuclease HARBI1-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833543]; symbol=AT5G35695; hit=AT5G35695; species=arabidopsis; confidence=high
产物	nuclease HARBI1-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833543]; symbol=AT5G35695; hit=AT5G35695; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT5G35695` (AT5G35695) nuclease HARBI1-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833543] identity=57.8; qcov=0.716; evalue=1.94e-69; confidence=high
Rice	`Os12g0299600` - identity=46.9; qcov=0.907; evalue=5.37e-68; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF01609 (DDE_Tnp_1); PF13359 (DDE_Tnp_4)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998754

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057780145.1`
2	Chromosome	染色体	0.40000	`XP_057780145.1`
3	Telomere	端粒	0.40000	`XP_057780145.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057780145.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057780145.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:55847376`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C37,C60,D10
`Chr8:55847377`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B133,B5,C25,C49,C81
`Chr8:55847387`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A24,B110,B22
`Chr8:55847389`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A11,B126,B35,B59,C60
`Chr8:55847399`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A24,B110,B22
`Chr8:55847408`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A7,B36
`Chr8:55847423`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A24,B104,B12,B132,C45
`Chr8:55847541`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B64
`Chr8:55847560`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C26
`Chr8:55847564`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B89,C60
`Chr8:55847568`	`TTA`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	11	B135,B27,B44,B51,B66,B76,B90,B92,C2,C85,D4
`Chr8:55847577`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C58

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780145.1

268 aa

134

268

DDE_Tnp_1

DDE_Tnp_4

PF01609 DDE_Tnp_1 24-170 aa PF13359 DDE_Tnp_4 30-191 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057780145.1`	Pfam	`PF01609`	DDE_Tnp_1	Domain	24	170	2.4e-09	38.0	Transposase DDE domain
`XP_057780145.1`	Pfam	`PF13359`	DDE_Tnp_4	Domain	30	191	6.4e-23	81.8	DDE superfamily endonuclease

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057924162.1
CATTCCTCATCATTGTAGGGCACAACGATCGTTATTGTAACGTTCGTGAAAGGTTTGGTCGTTCGCATTTTGCTGCTAGTCGGAACTTCAACAAAATCTTGAGAGCATTGAACACCATAGCACCAGACATGATGTTTAAGCCGACTGGCGCAATACCCGCTAAAATTCGGGAAAGTACCAGATTTTATCCTTACTTCAAGGATTGTATCGGGGCTATAGATGGCACTCATATCCCGGCCATGATAAGAGGAAAAGACGTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998754
ATGATGTTTAAGCCGACTGGCGCAATACCCGCTAAAATTCGGGAAAGTACCAGATTTTATCCTTACTTCAAGGATTGTATCGGGGCTATAGATGGCACTCATATCCCGGCCATGATAAGAGGAAAAGACGTGAGCTGTTATCGTAACCGTCATGGGGTGAATTCGCAAAATGTTTTGGCAGCTTGCAACTTTGATTTGCAGTTCATTTATGTGCTTAGTGGATGGGAAGGCTCAGCCCATGATTCCAAAATTTTAAGTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057780145.1
MMFKPTGAIPAKIRESTRFYPYFKDCIGAIDGTHIPAMIRGKDVSCYRNRHGVNSQNVLAACNFDLQFIYVLSGWEGSAHDSKILSDALSRPNGLHVPQGKYFLVNCGFANRRQFLAPLRGVRYHLKDFGGDGRKPRNADELFNLRHASLRNVIERIFGIFKSRFTIFKTAPPFPFQTQAELVLAYAGLHNFLRKECRSDEFPVEVEEGNAAEDVENDADILDYLSQSQLSQRNEANAWRTSIANAMWENRQITETDQDT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器