Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G004640`

染色体: Chr08 坐标: 55928438-55930613 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G004640`
名称	SmilChr08G004640
描述	uncharacterized SmilChr08G004640
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	55928438 - 55930613 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998758`
GeneID	`130998758`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998758`
原始查询	`LOC130998758`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	GO:0006508 (proteolysis); GO:0008234 (cysteine-type peptidase activity)
KEGG	-
Pfam	PF02902 (Peptidase_C48)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998758

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057780149.1`
2	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057780149.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057780149.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057780149.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057780149.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:55928561`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B136,B67
`Chr8:55928699`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	11	A16,B2,B27,B51,B70,B94,C1,C17,C4,C61,D1
`Chr8:55928737`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	13	B107,B21,B36,B52,B59,B9,C12,C13,C16,C37,C39,C40,C56
`Chr8:55928774`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B99,C87
`Chr8:55928800`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	B103
`Chr8:55928800`	`C`	`CA`	1bp_insertion	CDS_variant	1	B103
`Chr8:55929038`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	6	B28,B83,C11,C42,C69,D6
`Chr8:55929056`	`CG`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	8	B107,B123,B124,B132,B38,B50,B9,C23
`Chr8:55929070`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C9
`Chr8:55930565`	`C`	`CAA`	2bp_insertion	frameshift_variant	64	A13,A16,A2,A25,B1,B103,B108,B109,B11,B113,B118,B119,B123,B125,B128,B133,B139,B14,B17,B19,B23,B31,B41,B44,B47,B49,B52,B56,B58,B6,B61,B64,B7,B74,B75,B76,B77,B8,B80,B81,B82,B83,B85,B86,B89,B90,B92,B96,C1,C12,C15,C20,C24,C25,C39,C40,C43,C56,C63,C67,C72,C73,C78,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780149.1

221 aa

110

221

Peptidase_C48

PF02902 Peptidase_C48 56-204 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057780149.1`	Pfam	`PF02902`	Peptidase_C48	Domain	56	204	0.00022	21.9	Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057924166.1
ATGGTCCTTAAGGAGAGTGATGGCAACTCCCTAGAGTATGATTTTTTTGCAGATATCATGGACCAGAGCAAAGATTTGGTGATAGGGGCTATTGATTTGTACATGTTGGCGTTGAGGATTAGAAACGGCCCTGGGGCCAATGCAATTCGAGGCGTAGGCATTCCGAATACTCAGAGATCATGGATCAATGCTACTCAGGTTATTGTCCCTTGTCTCGTCGGTTCACACTATGTTGTATGTCGATTAGATCTCCATGAGGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998758
ATGGTCCTTAAGGAGAGTGATGGCAACTCCCTAGAGTATGATTTTTTTGCAGATATCATGGACCAGAGCAAAGATTTGGTGATAGGGGCTATTGATTTGTACATGTTGGCGTTGAGGATTAGAAACGGCCCTGGGGCCAATGCAATTCGAGGCGTAGGCATTCCGAATACTCAGAGATCATGGATCAATGCTACTCAGGTTATTGTCCCTTGTCTCGTCGGTTCACACTATGTTGTATGTCGATTAGATCTCCATGAGGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057780149.1
MVLKESDGNSLEYDFFADIMDQSKDLVIGAIDLYMLALRIRNGPGANAIRGVGIPNTQRSWINATQVIVPCLVGSHYVVCRLDLHEGICELYDSLHYCLNEDTRAYRVQQLSGILKLLPRLLLFGEWFAYSPIRSPNFQNRMEFILRVAAPTLQFNQTDNVSCGVFCCMQVERLTADSPSIEWGHGHVTEYRWNIAARIFDLCKTPAVELEDSRVCPHLSN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器