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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G004674`

染色体: Chr08 坐标: 56232203-56239022 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G004674`
名称	SmilChr08G004674
描述	uncharacterized SmilChr08G004674
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	56232203 - 56239022 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998769`
GeneID	`130998769`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998769`
原始查询	`LOC130998769`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT1G43760` (AT1G43760) DNAse I-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840968] identity=26.8; qcov=0.29; evalue=5.77e-42; confidence=weak
Rice	`Os06g0484800` - identity=28.7; qcov=0.581; evalue=1.12e-100; confidence=low
GO	GO:0003824 (catalytic activity); GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF00078 (RVT_1); PF13966 (zf-RVT); PF14529 (Exo_endo_phos_2); PF20431 (E_motif)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998769

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057780158.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057780158.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057780158.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057780158.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057780158.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:56232580`	`C`	`CAT`	2bp_insertion	frameshift_variant	3	A18,B67,C74
`Chr8:56232580`	`C`	`CAT`	2bp_insertion	CDS_variant	3	A18,B67,C74
`Chr8:56235444`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B3
`Chr8:56235673`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B21
`Chr8:56235709`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B14,B30
`Chr8:56235745`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	C16
`Chr8:56235745`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C16
`Chr8:56235818`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B71
`Chr8:56235821`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B71
`Chr8:56235822`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C16
`Chr8:56235863`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B22,B67
`Chr8:56235864`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A1,B3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780158.1

1464 aa

732

1464

Exo_endo_phos_2

RVT_1

zf-RVT

E_motif

PF14529 Exo_endo_phos_2 114-213 aa PF00078 RVT_1 492-751 aa PF13966 zf-RVT 1005-1087 aa PF20431 E_motif 1388-1437 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057780158.1`	Pfam	`PF14529`	Exo_endo_phos_2	Domain	114	213	1.6e-07	31.9	Endonuclease-reverse transcriptase
`XP_057780158.1`	Pfam	`PF00078`	RVT_1	Domain	492	751	5.5e-29	102.2	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
`XP_057780158.1`	Pfam	`PF13966`	zf-RVT	Domain	1005	1087	2.9e-17	63.8	zinc-binding in reverse transcriptase
`XP_057780158.1`	Pfam	`PF20431`	E_motif	Repeat	1388	1437	4.7e-09	37.1	E motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057924175.1
ATGACGGACACGGCACGTAACTTGCTTCACAATTACTGTCATGTTCATCATCCTATTATTCTAGGCATTATTGAGCCTAAGACTAACTTTCTTCATATTCCGACCTCATTCTGGAACTCTATCAATTTGACTCCTTTCCATCAAAATGATCGCGCCCCTCATGCTTCCAACATCTGGATTCTCATCGCCAACGGGGTTACCTGCTCGTTGATTATGTCCACGGAGCAGATGGTTATTTTTGACATCTTGTTTTCTAGCTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998769
ATGACGGACACGGCACGTAACTTGCTTCACAATTACTGTCATGTTCATCATCCTATTATTCTAGGCATTATTGAGCCTAAGACTAACTTTCTTCATATTCCGACCTCATTCTGGAACTCTATCAATTTGACTCCTTTCCATCAAAATGATCGCGCCCCTCATGCTTCCAACATCTGGATTCTCATCGCCAACGGGGTTACCTGCTCGTTGATTATGTCCACGGAGCAGATGGTTATTTTTGACATCTTGTTTTCTAGCTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057780158.1
MTDTARNLLHNYCHVHHPIILGIIEPKTNFLHIPTSFWNSINLTPFHQNDRAPHASNIWILIANGVTCSLIMSTEQMVIFDILFSSYSFRVAIVHGSCNYITRRILWDDISSCMVPQMVILGDFNAVLGAHERRGRRFPSRASCRDFQAFIDRHTLIQAPTSGPFFTWTDRRKFPMTTESVLDRTLFSEDFATQWHSTESRVLPRLGSDHAPILFKCSTPPNTYGARPFRFLNMWSSHSDFIPMVQRSWAPVVDTNCPMV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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