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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004684

染色体: Chr08 坐标: 56319868-56320677 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004684
名称SmilChr08G004684
描述probable disease resistance protein At1g58602
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向56319868 - 56320677 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998776
GeneID130998776
locus_tag-
NCBI NameLOC130998776
原始查询LOC130998776

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable disease resistance protein At1g58602
产物probable disease resistance protein At1g58602
ArabidopsisAT1G59218 (AT1G59218)
Disease resistance protein (CC-NBS-LRR class) family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842234]
identity=34.6; qcov=0.375; evalue=1.39e-07; confidence=low
RiceOs11g0654100
-
identity=30.1; qcov=0.717; evalue=1.05e-09; confidence=low
GOGO:0006457 (protein folding); GO:0043014 (alpha-tubulin binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998776

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057780165.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057780165.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057780165.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780165.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057780165.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:56320019 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B13,B41
Chr8:56320020 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B13,B41
Chr8:56320187 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B31,B79,C25
Chr8:56320313 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 1 B13
Chr8:56320313 CT C 1bp_deletion CDS_variant 1 B13
Chr8:56320366 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C31,C48,C59,C76
Chr8:56320391 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A8,B122,B130,B60,C1
Chr8:56320598 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C54

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924182.1
ATGTGCAACAGCATTCGTCTCCCTGATCCTCCTCGGAGTGACCAGGTAGATGACACTTGTGTCTTGAGAAACTTGCAAACACTTGTGCAAGTAGTGAATTTCAGATGGACGGAGGAGGCGTGCAAGAGAATTCCCAACATCAAGAAATTGCGCGTGGTTTTTGATGATGTCTTGACAGATTACGAAGATTGCTTGTGCTTACACTATCTCCACAATCTCTGCACTTTACAGAAGCTCGAATCACTAAAAATGAGGTTCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998776
ATGTGCAACAGCATTCGTCTCCCTGATCCTCCTCGGAGTGACCAGGTAGATGACACTTGTGTCTTGAGAAACTTGCAAACACTTGTGCAAGTAGTGAATTTCAGATGGACGGAGGAGGCGTGCAAGAGAATTCCCAACATCAAGAAATTGCGCGTGGTTTTTGATGATGTCTTGACAGATTACGAAGATTGCTTGTGCTTACACTATCTCCACAATCTCTGCACTTTACAGAAGCTCGAATCACTAAAAATGAGGTTCCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057780165.1
MCNSIRLPDPPRSDQVDDTCVLRNLQTLVQVVNFRWTEEACKRIPNIKKLRVVFDDVLTDYEDCLCLHYLHNLCTLQKLESLKMRFPFCISRYPVDLLSKRLAFPTRLNKLCLRNCSLTREDLATIGSLQHLQVLELIHSSFLGGEWSTFNGEFPCLKFLRIDSCDVVCWASDTSAFRVLEKLVARDLWQLQEIPSEMGEISTLKLIHLHHCSESAAISALEIKKESFGNDSLKIVVDISWYCCSDSFWVRVKVDSFRPF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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