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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004758

染色体: Chr08 坐标: 56941479-56947939 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004758
名称SmilChr08G004758
描述ADP,ATP carrier protein, mitochondrial-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向56941479 - 56947939 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998801
GeneID130998801
locus_tag-
NCBI NameLOC130998801
原始查询LOC130998801

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ADP,ATP carrier protein, mitochondrial-like
产物ADP%2CATP carrier protein%2C mitochondrial-like
ArabidopsisAT5G13490 (AAC2)
ADP/ATP carrier 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831193]
identity=47.8; qcov=1.04; evalue=9.11e-83; confidence=high
RiceOs05g0302700
-
identity=49.8; qcov=0.945; evalue=2.15e-84; confidence=high
GOGO:0005471 (ATP:ADP antiporter activity); GO:0005743 (mitochondrial inner membrane); GO:0140021 (mitochondrial ADP transmembrane transport); GO:1990544 (mitochondrial ATP transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF00153 (Mito_carr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998801

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057780189.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 1.00000 XP_057780189.1
3 Mitochondrion inner membrane 线粒体内膜 1.00000 XP_057780189.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057780189.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780189.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:56941610 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B108,C86
Chr8:56941710 GAA G 2bp_deletion frameshift_variant 1 A3
Chr8:56941710 GAA G 2bp_deletion CDS_variant 1 A3
Chr8:56942329 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A7,B55,C17
Chr8:56942351 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C33,D7
Chr8:56942380 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr8:56942415 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 1 A21
Chr8:56942415 T TA 1bp_insertion CDS_variant 1 A21
Chr8:56942432 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A2,D3,D7
Chr8:56942486 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 10 A2,A21,A3,B117,B60,B68,C80,C82,D3,D4
Chr8:56942610 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr8:56942615 T TGA 2bp_insertion frameshift_variant 1 B1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780189.1
310 aa
N
1
155
310
Mito_carr
Mito_carr
C
PF00153 Mito_carr 41-121 aa PF00153 Mito_carr 140-225 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057780189.1 Pfam PF00153 Mito_carr Repeat 41 121 1.2e-39 134.7 Mitochondrial carrier protein
XP_057780189.1 Pfam PF00153 Mito_carr Repeat 140 225 1.2e-39 134.7 Mitochondrial carrier protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924206.1
GGCCGCAAGAAACTCATTTGAGAGTAAAAATAAATGTATATTTTCTTTTGCACTTTCTCTCAAAAAATTTGTGCTCTACTTTCCTCTCAATCACGTCTATCTTTCTCTCTATCTTCCACACGCAGTAGAACTTCAGCTGTTTTATAATCGGAAAAAAATGAGTATGGATGAGACTCAACATTCGGGAGGGAACACTGCATTGGCATATCCATCTGTGGTGAAGTCTGATGGTTTTGTGCAAGACAAGAGATTTGTGGGGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998801
ATGAGTATGGATGAGACTCAACATTCGGGAGGGAACACTGCATTGGCATATCCATCTGTGGTGAAGTCTGATGGTTTTGTGCAAGACAAGAGATTTGTGGGGCTGTCTTTTCTGACGGGTGTGGCGGTATGCAAAACCGCTACTGCTCCTATTGATCGTGTGAAACTTTTGATGCAAAACGAGGGTGCAATAGCCATGGCGGGTAGGTTATCTGGACCATACAAAGGCATCCGCGACTGTTTGTGGAGAACAATAAGGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057780189.1
MSMDETQHSGGNTALAYPSVVKSDGFVQDKRFVGLSFLTGVAVCKTATAPIDRVKLLMQNEGAIAMAGRLSGPYKGIRDCLWRTIREEGVASLWRGNAVNVIRYLPSQALTLGSWDCFRSVTTMLYQNDEFGYLRWCCYNVGAGVFAGSTFSFFFQPTDYVRTRLALDVKKGGTRQFKGSLDLCKKTLAADGVAGFYRGFTHSYIGATVYRGIYFGMYESLKPVVLTGEMQDSFFGRFGVAWVSAIVAGSASYTFDISRR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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