Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G004900`

染色体: Chr08 坐标: 58021250-58024058 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G004900`
名称	SmilChr08G004900
描述	uncharacterized SmilChr08G004900
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	58021250 - 58024058 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998833`
GeneID	`130998833`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998833`
原始查询	`LOC130998833`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF09331 (DUF1985)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998833

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057780222.1`
2	Chromosome	染色体	0.40000	`XP_057780222.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057780222.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057780222.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057780222.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:58021257`	`A`	`AGC`	2bp_insertion	frameshift_variant	5	A9,C1,C54,C57,D9
`Chr8:58021257`	`A`	`AGC`	2bp_insertion	CDS_variant	5	A9,C1,C54,C57,D9
`Chr8:58021294`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B103,C49,C71
`Chr8:58021376`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B66,B7,B93,C5
`Chr8:58021384`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr8:58021391`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B32,B65
`Chr8:58021392`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B85,C14
`Chr8:58021395`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A18,A19,C3,C76,C82
`Chr8:58021397`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B4,B58,C47
`Chr8:58021406`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	C32,C73
`Chr8:58021406`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C32,C73
`Chr8:58021419`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C84

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780222.1

677 aa

338

677

DUF1985

PF09331 DUF1985 215-344 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057780222.1`	Pfam	`PF09331`	DUF1985	Family	215	344	4.7e-12	46.8	Domain of unknown function (DUF1985)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057924239.1
ATGACCAAGCGCAAGGCTTCACAAACCGGCTCGACCTCCAAGCGCCAGCGCGCTGCAGAATCCGGCGAGGAAAAAGCCGGATCTGGAGTTCCTGGAAGCGTCATAGATATTTGCAAAGAAATCAATGCAGATGAGAGTTCCGGATCTGAGGAACAACAATCACCGATCCGGGTGGTGACTCTTCCAACCACGGCCGAAGAAGCCGGCGAGGAAGACGAAGCCGCCGAGGAAGAAGATTCTGGAGAGGAAGAAGAAGCCGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998833
ATGACCAAGCGCAAGGCTTCACAAACCGGCTCGACCTCCAAGCGCCAGCGCGCTGCAGAATCCGGCGAGGAAAAAGCCGGATCTGGAGTTCCTGGAAGCGTCATAGATATTTGCAAAGAAATCAATGCAGATGAGAGTTCCGGATCTGAGGAACAACAATCACCGATCCGGGTGGTGACTCTTCCAACCACGGCCGAAGAAGCCGGCGAGGAAGACGAAGCCGCCGAGGAAGAAGATTCTGGAGAGGAAGAAGAAGCCGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057780222.1
MTKRKASQTGSTSKRQRAAESGEEKAGSGVPGSVIDICKEINADESSGSEEQQSPIRVVTLPTTAEEAGEEDEAAEEEDSGEEEEAVEEEEAVEEEESGEEEEAGEEEESGAEEEASEEENSEESAGEDEDDLSTTVQWKYLRKGMEQIKHKVNITGKENIIEIINDVLKGDNVYRELQESVFSDFLKLPSRISRSGQCLHFMISRQIAGQSNPDETALFFIVDDYVTRFSRIEFFFMTGLKFGSSNFNPYADHIILENS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器