Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G001073`

染色体: Chr01 坐标: 22152482-22152823 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G001073`
名称	SmilChr01G001073
描述	conglutin delta 3-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	22152482 - 22152823 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998837`
GeneID	`130998837`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998837`
原始查询	`LOC130998837`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	conglutin delta 3-like
产物	conglutin delta 3-like
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00234 (Tryp_alpha_amyl)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998837

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	0.80000	`XP_057780258.1`
2	Vacuole	液泡	0.20000	`XP_057780258.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057780258.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057780258.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057780258.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:22152538`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B8
`Chr1:22152554`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B49,B72
`Chr1:22152564`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B63,C1,C40
`Chr1:22152570`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	3	B63,C1,C40
`Chr1:22152570`	`C`	`CT`	1bp_insertion	CDS_variant	3	B63,C1,C40
`Chr1:22152571`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B65,B72,C39,D9
`Chr1:22152574`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B44,B75,C7
`Chr1:22152600`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	22	B128,B129,B130,B134,B15,B28,B42,B5,B66,B75,B85,B87,B9,C16,C27,C37,C41,C49,C67,C7,C77,C82
`Chr1:22152713`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A3,C15,C23,D7
`Chr1:22152793`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B124,B16,B8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780258.1

113 aa

113

Tryp_alpha_amyl

PF00234 Tryp_alpha_amyl 53-107 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057780258.1`	Pfam	`PF00234`	Tryp_alpha_amyl	Domain	53	107	3.7e-06	27.8	Protease inhibitor/seed storage/LTP family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057924275.1
ATGGCCAAGCTGACAGCTCTCACTCTCCTCTTCTTCGCCGCGGTGACCGTGGCCAGCGCCTCCGCCTTCAAGGCCGAGCAGTGCGAGTCGGAGGTGGCGATGAAGAGCTGCATTAAGTGGGCGATGAGCGAGCCCTACGGCGGCGCGTTCCTGAGGAGCCGCGTGGCCGCGGAGGAGAAATACCTGGAGGAGTGCTGCGAGGAGCTGAGGCAGCTGAGCTCGGATAATTGCCGGTGCAGCGCAGTGTGGGAGAAGATGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998837
ATGGCCAAGCTGACAGCTCTCACTCTCCTCTTCTTCGCCGCGGTGACCGTGGCCAGCGCCTCCGCCTTCAAGGCCGAGCAGTGCGAGTCGGAGGTGGCGATGAAGAGCTGCATTAAGTGGGCGATGAGCGAGCCCTACGGCGGCGCGTTCCTGAGGAGCCGCGTGGCCGCGGAGGAGAAATACCTGGAGGAGTGCTGCGAGGAGCTGAGGCAGCTGAGCTCGGATAATTGCCGGTGCAGCGCAGTGTGGGAGAAGATGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057780258.1
MAKLTALTLLFFAAVTVASASAFKAEQCESEVAMKSCIKWAMSEPYGGAFLRSRVAAEEKYLEECCEELRQLSSDNCRCSAVWEKMMKLPFPMNRNLCTVTSKCGMGPCICPR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器