Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G004942`

染色体: Chr08 坐标: 58298760-58303785 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G004942`
名称	SmilChr08G004942
描述	uncharacterized SmilChr08G004942
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	58298760 - 58303785 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998839`
GeneID	`130998839`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998839`
原始查询	`LOC130998839`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998839

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057780227.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057780227.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057780227.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057780227.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057780227.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:58299483`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B140,B4
`Chr8:58299562`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	91	A1,A14,A16,A18,A20,A25,A6,B105,B109,B111,B112,B114,B117,B119,B128,B136,B138,B139,B15,B17,B21,B22,B25,B27,B29,B30,B32,B33,B34,B35,B37,B38,B39,B45,B46,B48,B50,B51,B52,B55,B59,B6,B63,B64,B65,B66,B67,B70,B71,B74,B75,B77,B8,B84,B87,B88,B93,B97,B98,C12,C14,C15,C18,C2,C24,C27,C30,C35,C36,C41,C44,C46,C49,C51,C52,C55,C56,C61,C62,C63,C69,C70,C71,C77,C79,C80,C84,D11,D3,D5,D6
`Chr8:58299577`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A7,B124,B91,C17,D4
`Chr8:58299593`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A22,B117,B134
`Chr8:58299601`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A22,B117
`Chr8:58299620`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	4	A7,B124,B79,B91
`Chr8:58299620`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A7,B124,B79,B91
`Chr8:58299666`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A11,B56,B96,B98,C8
`Chr8:58299676`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B134
`Chr8:58299764`	`TCA`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	7	A3,A7,B124,B55,B62,B65,B91
`Chr8:58299767`	`GT`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	7	A3,A7,B124,B55,B62,B65,B91
`Chr8:58299770`	`TCA`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	7	A3,A7,B124,B55,B62,B65,B91

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057924244.1
ATGAGTAAAAAGCCCACGACAACAAACCTCAATTCCCCTCATCCCACCCACCCCACCTACAACTGCGGCGCCTCTGCCCACCTCCTCTCTCTCTTCGCCGCCTCCGGCGCAGCCACCACACTGTCGCGGCACCGGCGCGGCGCGCCAACAGCAGCCCACGCCCTACAGCCCTGCGTGCACCAGCACCAGCAGCAGGCAGCAACCCCGTCTTCTCCCCTGTTCCACCTCCCCATCTCCCCCACGGCCGCCGCCAGCCGACG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998839
ATGAGTAAAAAGCCCACGACAACAAACCTCAATTCCCCTCATCCCACCCACCCCACCTACAACTGCGGCGCCTCTGCCCACCTCCTCTCTCTCTTCGCCGCCTCCGGCGCAGCCACCACACTGTCGCGGCACCGGCGCGGCGCGCCAACAGCAGCCCACGCCCTACAGCCCTGCGTGCACCAGCACCAGCAGCAGGCAGCAACCCCGTCTTCTCCCCTGTTCCACCTCCCCATCTCCCCCACGGCCGCCGCCAGCCGACG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057780227.1
MSKKPTTTNLNSPHPTHPTYNCGASAHLLSLFAASGAATTLSRHRRGAPTAAHALQPCVHQHQQQAATPSSPLFHLPISPTAAASRRRSSRSSSRFLSWQNAILAAVHENFSSQQICIFSNTCTLNHCDRYDGMINKRYQLILNVVDSTNNASLLLWDKDAVVLVGKKAVQISMDEKEAVDASEKIVMFKIQMRSESSFVEDKPYTVTKTCMDQVVINQFWKDDDVSGDSGIAEVDLSKKAYLEQCESLT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器