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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004109

染色体: Chr08 坐标: 49856794-49860056 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004109
名称SmilChr08G004109
描述probable inactive histone-lysine N-methyltransferase SUVR1
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向49856794 - 49860056 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998858
GeneID130998858
locus_tag-
NCBI NameLOC130998858
原始查询LOC130998858

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable inactive histone-lysine N-methyltransferase SUVR1
产物probable inactive histone-lysine N-methyltransferase SUVR1
ArabidopsisAT1G04050 (SUVR1)
histone-lysine N-methyltransferase SUVR2-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839320]
identity=46.4; qcov=0.283; evalue=1.97e-07; confidence=weak
RiceOs09g0114700
-
identity=43.8; qcov=0.369; evalue=1.92e-13; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF10440 (WIYLD)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998858

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057780266.1
2 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057780266.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780266.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057780266.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057780266.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:49857038 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B51,C35
Chr8:49857168 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B110,B132,B47,B55
Chr8:49857198 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B51,C35
Chr8:49857213 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A8,B117
Chr8:49859564 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 1 C8
Chr8:49859564 G GC 1bp_insertion CDS_variant 1 C8
Chr8:49859599 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 10 A3,B1,B118,B12,B120,B43,C21,C3,C36,C8
Chr8:49859603 GAC G 2bp_deletion frameshift_variant 9 A3,B1,B118,B12,B120,C21,C3,C36,C8
Chr8:49859608 TAG T 2bp_deletion frameshift_variant 9 A3,B1,B118,B12,B120,C21,C3,C36,C8
Chr8:49859619 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 10 A3,B1,B118,B12,B120,B43,C21,C3,C36,C8
Chr8:49859622 C CG 1bp_insertion frameshift_variant 10 A3,B1,B118,B12,B120,B43,C21,C3,C36,C8
Chr8:49859625 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 11 A3,B1,B118,B12,B120,B43,C21,C25,C3,C36,C8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780266.1
198 aa
N
1
99
198
WIYLD
C
PF10440 WIYLD 15-72 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057780266.1 Pfam PF10440 WIYLD Domain 15 72 8.8e-23 80.6 Ubiquitin-binding WIYLD domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924283.1
AAATACCTAAAATAGATACCATTTATTTATGTCTGCATATTCACAATTAAAGCATGCATGTTATAATATCCTATCATTTCCGTCAAACATCTATTCATCGGCAGTCGCCACTGCAAATTTTCTCCCTCTGCTTCTAGCCATTTTTAGTAAAGAATCAAACTTTTTTCGCACCCCATTTTCCTCATCGATTCGCTGAGTTGCTGTGCGTGTAGTCCATCACAGTCAAGATGGGGAGGCCTAGGGGGAGACCCAGGATCCTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998858
ATGGGGAGGCCTAGGGGGAGACCCAGGATCCTGCGTCCGCGGTTGTCGCGTATGGACGCGGCGGTGGACGCCATGCTGCCGCTTGGATTCCCGGAAGCAAAGGTGAAGAAACGCGTTAACCAACTGCTCAAGGTATACGGTGGAGATGAAGGATGGCCATTCATTGAGGAATGCTCATATAAGGTACTTCTTGACTCCCTTCTTGAAGAAAAGGATGATGAAGAGCAAGTCACGTCGCAAAATGGATTACTACTGGAGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057780266.1
MGRPRGRPRILRPRLSRMDAAVDAMLPLGFPEAKVKKRVNQLLKVYGGDEGWPFIEECSYKVLLDSLLEEKDDEEQVTSQNGLLLEPVENRELLDKPQGDEDLSCSRASDALIEHPSEAVAEDTPLPASSPPRDSTHLLLLPANTRTRFPCYGWIESDEDDADEFINLAPAPAAIATLNVPPWRKKRRSRWDVKPGDP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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