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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G004111`

染色体: Chr08 坐标: 49909860-49923368 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G004111`
名称	SmilChr08G004111
描述	5'-3' exoribonuclease 4
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	49909860 - 49923368 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998860`
GeneID	`130998860`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998860`
原始查询	`LOC130998860`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	5'-3' exoribonuclease 4
产物	5'-3' exoribonuclease 4
Arabidopsis	`AT1G54490` (XRN4) exoribonuclease 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841891] identity=64.9; qcov=0.972; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0794800` (OsXrn4) - identity=64.2; qcov=0.922; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0000956 (nuclear-transcribed mRNA catabolic process); GO:0003723 (RNA binding); GO:0004534 (5'-3' RNA exonuclease activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	smil04016 (MAPK signaling pathway - plant - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00098 (zf-CCHC); PF03159 (XRN_N); PF17846 (XRN_M)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998860

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057780267.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057780267.1`
3	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057780267.1`
4	Cytoplasmic granule	细胞质颗粒	0.20000	`XP_057780267.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057780267.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:49910456`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C12
`Chr8:49910522`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B35
`Chr8:49911405`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B107,B110,B120
`Chr8:49911759`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr8:49911863`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B91
`Chr8:49913065`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A8
`Chr8:49918602`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B107,B110,B120
`Chr8:49919481`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B107,B110,B120
`Chr8:49919495`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B36
`Chr8:49919610`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B65,C48,C9,D2
`Chr8:49919642`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B35
`Chr8:49920703`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C12,C22

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780267.1

979 aa

490

979

XRN_N

zf-CCHC

XRN_M

PF03159 XRN_N 1-254 aa PF00098 zf-CCHC 264-279 aa PF17846 XRN_M 325-431 aa PF17846 XRN_M 427-715 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057780267.1`	Pfam	`PF03159`	XRN_N	Family	1	254	9.7e-98	327.1	XRN 5'-3' exonuclease N-terminus
`XP_057780267.1`	Pfam	`PF00098`	zf-CCHC	Domain	264	279	0.00041	21.0	Zinc knuckle
`XP_057780267.1`	Pfam	`PF17846`	XRN_M	Domain	325	431	1.7e-158	529.0	Xrn1 helical domain
`XP_057780267.1`	Pfam	`PF17846`	XRN_M	Domain	427	715	1.7e-158	529.0	Xrn1 helical domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057924284.1
TTTAGGGTTATTTTTGAGGAGGCGAAGGGAAGATACAAGTGTTTTGGTCCCCAATAGGTTGCAGGACGACAACACCATTCACACACGAATACGAAATCCCAAAATATAATTTCAACGTAATAACGGCCAGAAATTTTTTCTCACAATAAATCACAGCGTTGGGTATAGAGAAACACGAAGAGGGAAGGGATAAATCGGGGGAGTTCGAAGTCAATGTTGGAAGGGTCGATGCAAAGTCAAAGCTTGATTCGGTTGCAAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998860
ATGGGGGTTCCGGCCTTTTACCGGTGGCTGGCGGATCGGTACCCGCTGTGTATTGTTGATGTGGTGGAGGAAGAATCTGGACAGGACGAGAGGGGTGTGCCCCGGCCTGTCGACATATCGAGGCCAAACCCTAATGGCATTGAGTTCGATAATTTGTATTTGGATATGAATGGTATTATTCACCCTTGTTTCCACCCTGAAGGCAAGCCTGCACCTGCCACTTATGCGGATGTATTTAGACATATCTTTGATTACATTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057780267.1
MGVPAFYRWLADRYPLCIVDVVEEESGQDERGVPRPVDISRPNPNGIEFDNLYLDMNGIIHPCFHPEGKPAPATYADVFRHIFDYIDHVLSLVRPRKLLYLAIDGVAPRAKMNQQRSRRFRAAKDAAAAEAEEEKLRKEFELEGEKLLPKGKTETSDSNVITPGTPFMAVLSVALQYYVQSRLNRIPGWHFLKVILSDANVPGEGEHKIMSYIRLQRNIPGFDPNTRHCLYGLDADLIMLSLATHEVHFSILREVITLPG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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