Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G004112`

染色体: Chr08 坐标: 49923422-49929218 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G004112`
名称	SmilChr08G004112
描述	probable serine/threonine-protein phosphatase 2A regulatory subunit B'' subunit TON2
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	49923422 - 49929218 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998861`
GeneID	`130998861`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998861`
原始查询	`LOC130998861`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable serine/threonine-protein phosphatase 2A regulatory subunit B'' subunit TON2
产物	probable serine/threonine-protein phosphatase 2A regulatory subunit B'' subunit TON2
Arabidopsis	`AT5G18580` (FASS) tonneau 2 (TON2) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831976] identity=90.8; qcov=0.987; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os05g0149800` (OsTON2) - identity=90.8; qcov=0.943; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0000226 (microtubule cytoskeleton organization); GO:0005509 (calcium ion binding); GO:0005813 (centrosome); GO:0005819 (spindle); GO:0030865 (cortical cytoskeleton organization); GO:0035303 (regulation of dephosphorylation)
KEGG	smil03015 (mRNA surveillance pathway - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04382 (Cornified envelope formation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF13202 (EF-hand_5)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998861

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057780268.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057780268.1`
3	Cell projection	细胞突起	1.00000	`XP_057780268.1`
4	Cilium	纤毛	0.40000	`XP_057780268.1`
5	Ruffle	Ruffle	0.20000	`XP_057780268.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:49923667`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B35,C4
`Chr8:49923780`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C73
`Chr8:49924706`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B35

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780268.1

475 aa

238

475

EF-hand_5

PF13202 EF-hand_5 298-317 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057780268.1`	Pfam	`PF13202`	EF-hand_5	Domain	298	317	1.4e-07	31.3	EF hand

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057924285.1
AGGGTTTTTTTTATATTATAAAAAGGTCCCTATAATAGTAGTAATTGTAGTATAGCCCTGAATAAAGTTAGAAGTCTGCAATATTGCCCACAATCACAACAAGAAGTTAGCAGACATTGTTGGTGAGGTAAGATTGGGAAGCAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGGCTTAAGCAATTAGGCGAAAATGTACAGTGGGTCCAGCGATGGCGAGGCATCGACGCAGCGGAAGATTCCGACGGCGTCTTCAATGCTTTGGGTTCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998861
ATGTACAGTGGGTCCAGCGATGGCGAGGCATCGACGCAGCGGAAGATTCCGACGGCGTCTTCAATGCTTTGGGTTCGTAATCTCCGTCGCTTCATTGGATCAGGCGCCGGCCTTGGATCCGAAGCCCTCATGGAACTAGAGACCAAAAGAATTTTGCTCGACATATTCAAAGCAAAGCAACAAAAGAGCGCTGAAGCTGGCACCATTCCGAGCTTCTACAAGAAGAAACCGGAAGAAGGTTCTATCAGTCATAGGGTGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057780268.1
MYSGSSDGEASTQRKIPTASSMLWVRNLRRFIGSGAGLGSEALMELETKRILLDIFKAKQQKSAEAGTIPSFYKKKPEEGSISHRVQRLAKYRFLKKQSDLLLNADDLDAMWVCLRENCVIDDATGAEKMNYEDFCHIASVCTEQIGLKCRRFFSPSNFMKFEKDESGRISILPFYLYVMRTVSLTQARIDMSELDEDSDGFLQPHEMENYIGGLIPNLAQLRDMPAGFMQMYCRIAAHKFFFFCDPHKRGKACIKKVLL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器