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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004151

染色体: Chr08 坐标: 50693483-50694434 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004151
名称SmilChr08G004151
描述WEB family protein At1g75720-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向50693483 - 50694434 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998893
GeneID130998893
locus_tag-
NCBI NameLOC130998893
原始查询LOC130998893

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述WEB family protein At1g75720-like
产物WEB family protein At1g75720-like
ArabidopsisAT1G58070 (AT1G58070)
WEB family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842174]
identity=38.7; qcov=0.838; evalue=7.4e-18; confidence=low
RiceOs11g0195800
-
identity=35.9; qcov=0.671; evalue=1.61e-14; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998893

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057780306.1
2 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057780306.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057780306.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780306.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057780306.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:50693782 G GCC 2bp_insertion frameshift_variant 28 A10,A4,B10,B113,B120,B121,B140,B27,B36,B45,B52,B61,B69,B84,B90,B92,B95,C14,C20,C34,C39,C48,C63,C67,C71,C78,C81,D1
Chr8:50693783 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 26 A10,A4,B10,B113,B120,B121,B140,B27,B36,B45,B52,B61,B69,B84,B95,C14,C20,C34,C39,C48,C63,C67,C71,C78,C81,D1
Chr8:50694264 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr8:50694273 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924323.1
ACTTCTCAATCTCCCCACAACCGCAAAACTTCTCAAACTAATTCCCTCTCTCTCTACATGGAAGATCAAGTGCTCCAAAACAGTCCCGATCCCGACGACCGAACCGGCCGCGAGCTGTCCCGAACCGGCCGGTCGAGCGTGGACAGCTCGCGGCCGTTCCGGTCGGTGAAGGAGGCGGTGGCGATATTCGGAGAGCGGTTCTTGGCCGGCGAGATCTACTCTCCGAAGCCCTTCGCCTTCCCCAAGAAGGAGACGCCGTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998893
ATGGAAGATCAAGTGCTCCAAAACAGTCCCGATCCCGACGACCGAACCGGCCGCGAGCTGTCCCGAACCGGCCGGTCGAGCGTGGACAGCTCGCGGCCGTTCCGGTCGGTGAAGGAGGCGGTGGCGATATTCGGAGAGCGGTTCTTGGCCGGCGAGATCTACTCTCCGAAGCCCTTCGCCTTCCCCAAGAAGGAGACGCCGTTCTTCGCGCCGTCTCCGGAGAGGGGGGACCCCTCCGGCGCGGCGGAGCTGGCCGAGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057780306.1
MEDQVLQNSPDPDDRTGRELSRTGRSSVDSSRPFRSVKEAVAIFGERFLAGEIYSPKPFAFPKKETPFFAPSPERGDPSGAAELAESVKKLETELEETKAELKLLRDRESETEVALASLNAELHRSMSKMARAEASAAAAKAKAAAADRGPSVNLAQVLSVEEEKISVLLGGKKKEMKMKKKPIIPLVGDLFSKKKRSPAAAANLHNPLYASSHLL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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