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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004201

染色体: Chr08 坐标: 51379706-51382627 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004201
名称SmilChr08G004201
描述BTB/POZ domain-containing protein At2g46260-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向51379706 - 51382627 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998930
GeneID130998930
locus_tag-
NCBI NameLOC130998930
原始查询LOC130998930

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述BTB/POZ domain-containing protein At2g46260-like
产物BTB/POZ domain-containing protein At2g46260-like
ArabidopsisAT2G46260 (LRB1)
BTB/POZ/Kelch-associated protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819234]
identity=71.1; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs06g0507400
-
identity=60.7; qcov=0.984; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0010114 (response to red light)
KEGG-
PfamPF00651 (BTB); PF07707 (BACK); PF21536 (BTB_KLHL33)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998930

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057780346.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057780346.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057780346.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780346.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057780346.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:51380036 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr8:51380204 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,D11
Chr8:51380339 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B16
Chr8:51380700 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B120,B98,C18,C22
Chr8:51380753 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B123,B124,B136,B82,C58
Chr8:51381616 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122
Chr8:51381630 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780346.1
553 aa
N
1
276
553
BTB
BTB_KLHL33
BACK
C
PF00651 BTB 148-235 aa PF21536 BTB_KLHL33 167-231 aa PF07707 BACK 263-354 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057780346.1 Pfam PF00651 BTB Domain 148 235 5.4e-13 49.8 BTB/POZ domain
XP_057780346.1 Pfam PF21536 BTB_KLHL33 Domain 167 231 1.7e-12 47.7 Kelch-like protein 33-like, BTB/POZ domain
XP_057780346.1 Pfam PF07707 BACK Domain 263 354 6.5e-09 36.5 BTB And C-terminal Kelch

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924363.1
TCGGAATTAAAAATTTGAAGTTGAATTCTAAAATTAAAAATTATATATATTCCTATTCTCTCTCTCTCTACCCGCTTTCTCTCTCTAGACACTCAACTTGTATCTGCGCCTTCAATAGATAACGAGAAACCTTTAAAATTATGAGGGATTGGGGTTTGGGTCTACTCGACCCGACAACCGCCGTCATGGACCTCGACTCCGACTCCGACTCCACCGCCGCCCGTCAATCCGACTTCGCCTTCGCCTTCAACGACAGCAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998930
ATGAGGGATTGGGGTTTGGGTCTACTCGACCCGACAACCGCCGTCATGGACCTCGACTCCGACTCCGACTCCACCGCCGCCCGTCAATCCGACTTCGCCTTCGCCTTCAACGACAGCAATTTTTCCGACCGCCTGCTCCGGATCGAGATCATCGGAGATCCCCTCGACGCCCGCGCCGAATCCGACCTAGCTGATTGGGCCACGCGCCTCTGCGAGCTCCGCCGCCGAGACGTTCTGGAAAAGCAGCTCGTTTTGGATGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057780346.1
MRDWGLGLLDPTTAVMDLDSDSDSTAARQSDFAFAFNDSNFSDRLLRIEIIGDPLDARAESDLADWATRLCELRRRDVLEKQLVLDASNCQEEHDAFDSQQPDVEDGIGDDNHDEVALKMIEDSPSGDEAAKDDSKLPEDDSRVLRVKTLHISSPILAAKSPFFYKLFSNGMMESEQRHVTLRISTSEEAALMELLNFMYSNTLSINTAPALLDVLMAADKFEVVSCMRYCSHRLRNLPMTPESALVFLDLPSSVLMGDA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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