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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004034

染色体: Chr01 坐标: 58770497-58773294 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004034
名称SmilChr01G004034
描述auxin-binding protein T92-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向58770497 - 58773294 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998948
GeneID130998948
locus_tag-
NCBI NameLOC130998948
原始查询LOC130998948

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述auxin-binding protein T92-like
产物auxin-binding protein T92-like
ArabidopsisAT4G02980 (ABP1)
endoplasmic reticulum auxin binding protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828120]
identity=68.3; qcov=0.989; evalue=2.32e-92; confidence=high
RiceOs12g0529400 (abp)
-
identity=61.5; qcov=0.995; evalue=5.97e-83; confidence=high
GOGO:0010011 (auxin binding)
KEGGsmil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF02041 (Auxin_BP); PF07883 (Cupin_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998948

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.60000 XP_057780376.1
2 Endoplasmic reticulum lumen 内质网腔 0.40000 XP_057780376.1
3 Lysosome 溶酶体 0.20000 XP_057780376.1
4 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057780376.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057780376.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:58771257 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A3,B125
Chr1:58771393 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C78
Chr1:58773019 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,B118,B130

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780376.1
188 aa
N
1
94
188
Auxin_BP
Cupin_2
C
PF02041 Auxin_BP 21-188 aa PF07883 Cupin_2 66-145 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057780376.1 Pfam PF02041 Auxin_BP Domain 21 188 9.7e-94 312.4 Auxin binding protein
XP_057780376.1 Pfam PF07883 Cupin_2 Domain 66 145 9.8e-10 38.7 Cupin domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924393.1
ATCAATACAAAATGTAATTCGAGGGAACAAGAATAAAGAGTCGAAGCTGTCGGACATGTGACTTCTTATGTAAACAATAAATTCGGAAATTTACACTGAAGAATCTCGAAAAATCATGGCTTTTCTTTGGATTCTTTTCTTGATCGCGCTTCTATTCTCTACCACTGTCGAAAGTTCCCACTGTGCGGCCAATGGAATTCCGATAGTCCGAAATATCAGTGGAATTCCTCAAGATAACTATGGTAGGCAGGGTTTATCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998948
ATGGCTTTTCTTTGGATTCTTTTCTTGATCGCGCTTCTATTCTCTACCACTGTCGAAAGTTCCCACTGTGCGGCCAATGGAATTCCGATAGTCCGAAATATCAGTGGAATTCCTCAAGATAACTATGGTAGGCAGGGTTTATCTCACATCACCGTTGCGGGTTCTGCAATGCACGGTTTTCAGGAGATTGAGGTGTGGCTTCAGACATTTGCTCCTGGTGCTCGTACACCAATTCATAGACATTCATGTGAGGAAATCTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057780376.1
MAFLWILFLIALLFSTTVESSHCAANGIPIVRNISGIPQDNYGRQGLSHITVAGSAMHGFQEIEVWLQTFAPGARTPIHRHSCEEIFVVLKGSGTLYLASNSHKNYPGSPEEFPVFKNSTFFVPVNDAHQLWNTNEREDLQVLVVISRPPVKVFIYDDWSMPHTATRLKFPYYWDEACYQTTPIKDEL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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