当前解析结果
SmilChr01G004034| 统一新 Gene ID | SmilChr01G004034 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G004034 |
| 描述 | auxin-binding protein T92-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 58770497 - 58773294 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130998948 |
|---|---|
| GeneID | 130998948 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130998948 |
| 原始查询 | LOC130998948 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | auxin-binding protein T92-like |
| 产物 | auxin-binding protein T92-like |
| Arabidopsis | AT4G02980 (ABP1)endoplasmic reticulum auxin binding protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828120] identity=68.3; qcov=0.989; evalue=2.32e-92; confidence=high |
| Rice | Os12g0529400 (abp)- identity=61.5; qcov=0.995; evalue=5.97e-83; confidence=high |
| GO | GO:0010011 (auxin binding) |
| KEGG | smil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF02041 (Auxin_BP); PF07883 (Cupin_2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130998948 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.60000 | XP_057780376.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum lumen | 内质网腔 | 0.40000 | XP_057780376.1 |
| 3 | Lysosome | 溶酶体 | 0.20000 | XP_057780376.1 |
| 4 | Vacuole | 液泡 | 0.20000 | XP_057780376.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057780376.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:58771257 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A3,B125 |
Chr1:58771393 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C78 |
Chr1:58773019 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B104,B118,B130 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057780376.1PF02041
Auxin_BP 21-188 aa
PF07883
Cupin_2 66-145 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057780376.1 |
Pfam | PF02041 |
Auxin_BP | Domain | 21 | 188 | 9.7e-94 | 312.4 | Auxin binding protein |
XP_057780376.1 |
Pfam | PF07883 |
Cupin_2 | Domain | 66 | 145 | 9.8e-10 | 38.7 | Cupin domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。