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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004223

染色体: Chr08 坐标: 51644273-51645622 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004223
名称SmilChr08G004223
描述probable membrane-associated kinase regulator 6
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向51644273 - 51645622 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998954
GeneID130998954
locus_tag-
NCBI NameLOC130998954
原始查询LOC130998954

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable membrane-associated kinase regulator 6
产物probable membrane-associated kinase regulator 6
ArabidopsisAT5G52900 (MAKR6)
membrane-associated kinase regulator [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835367]
identity=31.6; qcov=1.14; evalue=2.95e-13; confidence=low
Rice-
-
GO-
KEGG-
PfamPF30942 (MAKR6)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998954

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057780380.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057780380.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057780380.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057780380.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780380.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:51644739 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B115
Chr8:51644804 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B107,B130,D11
Chr8:51644907 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr8:51644995 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C41
Chr8:51645033 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B140,B2,B7,C48,C78
Chr8:51645049 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780380.1
214 aa
N
1
107
214
MAKR6
MAKR6
C
PF30942 MAKR6 1-173 aa PF30942 MAKR6 170-214 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057780380.1 Pfam PF30942 MAKR6 Family 1 173 1.3e-42 147.2 Membrane-associated kinase regulator 6
XP_057780380.1 Pfam PF30942 MAKR6 Family 170 214 1.3e-42 147.2 Membrane-associated kinase regulator 6

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924397.1
TTCGCTTTCAAACATTGATATATTCTTGAAACATATTATCAAAATTGCAAATTACCAAACTTGTGTTAGAGTGATATGTGACAAGCCATGTGTTGTTGAAGAAAACTCCATTTATTCCCCACACATAAAAGGCCTTGCTATATTGTGGCACCAATAAAAAGGAATTCCCACACTTTTTCCACCCAAAATTCCCAGTTTAAAAAACCATTTCTTTCTCCATTTTTCTTCCCAAAGTATCCCATTTCACCATGGAAAACTCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998954
ATGGAAAACTCCAAGCCATTAGCCACAGAGAGCTTTTCTTACAGTTGGTTAGTAGACAGAAAACAGCACTCTCTTGATGTCTTAACTGAGATCATCAAGCCAAATTTGCCACAAAAATCATATGAAAAAGACCAAAACTTCAACTTTGATGTTTCTTTGACAGCATTCCATGCTGCCCTTGTTCATGCTGATGAAATCTTTGCAGACGGGCAGCTCATGCCGGTCTACGCCTTCAAAGAAACTCCGGCTTCTGTCCCTGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057780380.1
MENSKPLATESFSYSWLVDRKQHSLDVLTEIIKPNLPQKSYEKDQNFNFDVSLTAFHAALVHADEIFADGQLMPVYAFKETPASVPASPLFSYATRSPFDGAKKESCLVEKWRRSSKRILHKCFGLIRPLYRSSRKNNRVDDLERKVCEVRSWTNSLQASPRPSSAASLKKVRSWGASPQASPRLSPSRASSAWCGDESSIHEAILYCKRSIEK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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