Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G004232`

染色体: Chr08 坐标: 51729640-51736457 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G004232`
名称	SmilChr08G004232
描述	uncharacterized SmilChr08G004232
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	51729640 - 51736457 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998961`
GeneID	`130998961`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998961`
原始查询	`LOC130998961`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF03004 (Transposase_24)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998961

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057780387.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057780387.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057780387.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057780387.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057780387.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:51729787`	`G`	`GC`	1bp_insertion	frameshift_variant	6	A14,A5,B10,B131,C60,C73
`Chr8:51729789`	`G`	`GA`	1bp_insertion	frameshift_variant	2	B47,C85
`Chr8:51729789`	`G`	`GA`	1bp_insertion	CDS_variant	2	B47,C85
`Chr8:51729801`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D4
`Chr8:51729803`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A9,B47,C85
`Chr8:51729808`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	35	A9,B10,B105,B115,B123,B128,B13,B131,B22,B30,B53,B57,B69,B72,B81,B90,B92,B96,C19,C20,C23,C29,C3,C42,C51,C60,C62,C7,C71,C77,C83,C87,C9,D1,D11
`Chr8:51729811`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B47,C85
`Chr8:51729820`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A9
`Chr8:51729824`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A10
`Chr8:51729855`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B2
`Chr8:51729879`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D4
`Chr8:51729898`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	11	A9,B10,B22,B30,B69,C30,C62,C7,C77,C87,D1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780387.1

239 aa

120

239

Transposase_24

PF03004 Transposase_24 34-169 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057780387.1`	Pfam	`PF03004`	Transposase_24	Family	34	169	3.3e-23	83.1	Plant transposase (Ptta/En/Spm family)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057924404.1
CAGGCAGTGAAGTTGGATTTTATGAAGAACGCGGCTCGTAGGTATAAAGATTTTGTATATGATATCAAGATGGCAAAGGATGATCCGAAGAAGGGAAGGCCACCATTTATTCATGAGCGTGAGTGGCTTGATTGGTTGAGTTACTGGAGGAGTGAGGCTGTGGTTAAGAAATCAGAAACGGCCAAAAAGTGCAGAATGTCTGAGCCTGAAGGTCCAGGAACAGGACAAGTGAAGCATAAAGGAGGCTCCAAATCTACTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998961
ATGAAGAACGCGGCTCGTAGGTATAAAGATTTTGTATATGATATCAAGATGGCAAAGGATGATCCGAAGAAGGGAAGGCCACCATTTATTCATGAGCGTGAGTGGCTTGATTGGTTGAGTTACTGGAGGAGTGAGGCTGTGGTTAAGAAATCAGAAACGGCCAAAAAGTGCAGAATGTCTGAGCCTGAAGGTCCAGGAACAGGACAAGTGAAGCATAAAGGAGGCTCCAAATCTACTCTCCAGATTGCCGATGAGATTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057780387.1
MKNAARRYKDFVYDIKMAKDDPKKGRPPFIHEREWLDWLSYWRSEAVVKKSETAKKCRMSEPEGPGTGQVKHKGGSKSTLQIADEIGVDPSQCFYDAYEVLHVNKDGSYTDPRSETVGRKIEELREQQSQPVDGSTEPQAVDMAKIYLEAVGGLDKKKRLFGVGSLASTLRSDGSSGSSQARSLAYDDTIVGLQNKLQKERDERRQESESFRAHLLAQHEYLTRFCAQSGLPPPPPPPL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器