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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004045

染色体: Chr01 坐标: 58877770-58889743 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004045
名称SmilChr01G004045
描述protein HUA2-LIKE 3-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向58877770 - 58889743 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999005
GeneID130999005
locus_tag-
NCBI NameLOC130999005
原始查询LOC130999005

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein HUA2-LIKE 3-like
产物protein HUA2-LIKE 3-like
ArabidopsisAT3G63070 (AT3G63070)
Tudor/PWWP/MBT domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825482]
identity=47.6; qcov=0.276; evalue=1.25e-85; confidence=weak
RiceOs03g0358000
-
identity=52.3; qcov=0.19; evalue=4.8e-68; confidence=weak
GOGO:0003690 (double-stranded DNA binding); GO:0003712 (transcription coregulator activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0006357 (regulation of transcription by RNA polymerase II)
KEGG-
PfamPF00855 (PWWP); PF04818 (CID)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999005

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057780454.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780454.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057780454.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057780454.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057780454.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:58878223 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B40
Chr1:58883146 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B109,B12,C25,C26
Chr1:58883286 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B109,B12,C25,C26,D4
Chr1:58883501 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,B16
Chr1:58883930 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A3,B125
Chr1:58884436 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B130
Chr1:58884588 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B109,B12,C25,C26,D4
Chr1:58884683 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B124,C53,C61,C78
Chr1:58885029 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B10,B126,B57,B63,C43
Chr1:58885049 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C35
Chr1:58885131 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B32,B57,B64,C1,C41
Chr1:58885176 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B124,C53,C61,C78

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780454.1
1376 aa
N
1
688
1376
PWWP
CID
C
PF00855 PWWP 24-105 aa PF04818 CID 830-951 aa
XP_057780459.1
1376 aa
N
1
688
1376
PWWP
CID
C
PF00855 PWWP 24-105 aa PF04818 CID 830-951 aa
XP_057780468.1
1376 aa
N
1
688
1376
PWWP
CID
C
PF00855 PWWP 24-105 aa PF04818 CID 830-951 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057780454.1 Pfam PF00855 PWWP Domain 24 105 4.2e-17 63.2 PWWP domain
XP_057780454.1 Pfam PF04818 CID Repeat 830 951 5.2e-12 46.8 CID domain
XP_057780459.1 Pfam PF00855 PWWP Domain 24 105 4.2e-17 63.2 PWWP domain
XP_057780459.1 Pfam PF04818 CID Repeat 830 951 5.2e-12 46.8 CID domain
XP_057780468.1 Pfam PF00855 PWWP Domain 24 105 4.2e-17 63.2 PWWP domain
XP_057780468.1 Pfam PF04818 CID Repeat 830 951 5.2e-12 46.8 CID domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924476.1
AACTAATGCGGGCCACGTGCTGCCCGCGCTCATGTCCTCTCTTTCTATCCTGCACCCCACCTGCGCCGTTTAGCAATACGCGCCGCTCCCTTCCAGAAACAAACCAAATTCTGATTTTCTCCATTTCTTTTGCCAAACTCTTTCCTACCACAGCAGTCACTCACTCCCACCATTTCCCCCCACCCGCAAATTTCGATTTTCAATAAGGTTTAGGATTAGGGTTTTGTCCCCACTCTCAATCGAACTTATATGCAGTTCGC...
XM_057924485.1
CGTGCTGCCCGCGCTCATGTCCTCTCTTTCTATCCTGCACCCCACCTGCGCCGTTTAGCAATACGCGCCGCTCCCTTCCAGAAACAAACCAAATTCTGATTTTCTCCATTTCTTTTGCCAAACTCTTTCCTACCACAGCAGTCACTCACTCCCACCATTTCCCCCCACCCGCAAATTTCGATTTTCAATAAGGTTTAGGATTAGGGTTTTGTCCCCACTCTCAATCGAACTTATATGCAGTTCGCGTAATCGAGTATCTG...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130999005
ATGGCTCCGAGCCGGAGAAAAGGTGCGAGTAAGGCGGCGGCAGCGGCGGCTCGGCGGAAGTGGGAAGTCGGCGATCTCGTGCTCGCTAAAGTCAAGGGCTTTCCGGCCTGGCCTGCCACTGTGAGCGAGCCACAGAAGTGGGGTTACCCTACTGATCTGAAGAAAGTACTTGTTCACTTTTTTGGGACTCAACAAATTGCTTTCTGTAATCATGCTGATGTTGAAGAGTTCACGGAAGAGAAAAAAGTATCTCTGCTAGG...
LOC130999005
ATGGCTCCGAGCCGGAGAAAAGGTGCGAGTAAGGCGGCGGCAGCGGCGGCTCGGCGGAAGTGGGAAGTCGGCGATCTCGTGCTCGCTAAAGTCAAGGGCTTTCCGGCCTGGCCTGCCACTGTGAGCGAGCCACAGAAGTGGGGTTACCCTACTGATCTGAAGAAAGTACTTGTTCACTTTTTTGGGACTCAACAAATTGCTTTCTGTAATCATGCTGATGTTGAAGAGTTCACGGAAGAGAAAAAAGTATCTCTGCTAGG...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057780454.1
MAPSRRKGASKAAAAAARRKWEVGDLVLAKVKGFPAWPATVSEPQKWGYPTDLKKVLVHFFGTQQIAFCNHADVEEFTEEKKVSLLGKRHGKGSDFARALREIVDCFEKLKKQDLVSDNLTEETVTTNENNSDESLTRSVNDEAAVTTVKELFGGSTNDLNSLTEAAVAAAAEDALHDEEMRLEEAHSNSGFTEIHVYSTRSKTDASHSRSIGKQRRLSARKLRSFSRVDVGRLQKLTLPPTDNHRSSRRLGANAQDRSL...
XP_057780459.1
MAPSRRKGASKAAAAAARRKWEVGDLVLAKVKGFPAWPATVSEPQKWGYPTDLKKVLVHFFGTQQIAFCNHADVEEFTEEKKVSLLGKRHGKGSDFARALREIVDCFEKLKKQDLVSDNLTEETVTTNENNSDESLTRSVNDEAAVTTVKELFGGSTNDLNSLTEAAVAAAAEDALHDEEMRLEEAHSNSGFTEIHVYSTRSKTDASHSRSIGKQRRLSARKLRSFSRVDVGRLQKLTLPPTDNHRSSRRLGANAQDRSL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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