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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004283

染色体: Chr08 坐标: 52459304-52477785 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004283
名称SmilChr08G004283
描述uncharacterized SmilChr08G004283
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向52459304 - 52477785 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999016
GeneID130999016
locus_tag-
NCBI NameLOC130999016
原始查询LOC130999016

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999016

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057780462.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057780462.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780462.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057780462.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057780462.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:52459595 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B69,C22
Chr8:52459802 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B134,B74,C64
Chr8:52476023 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 11 B11,B115,B138,B17,B20,B28,B64,B81,B99,C1,C13
Chr8:52476033 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A24,B15,B42
Chr8:52476038 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 93 A1,A11,A16,A19,A23,A4,B102,B104,B105,B11,B114,B117,B12,B121,B122,B126,B127,B128,B129,B139,B15,B17,B21,B23,B25,B27,B33,B34,B37,B38,B4,B40,B41,B45,B46,B5,B57,B58,B63,B65,B66,B67,B68,B71,B73,B74,B75,B8,B85,B86,B99,C1,C10,C12,C14,C15,C16,C17,C18,C19,C20,C22,C26,C31,C32,C33,C34,C35,C37,C38,C4,C41,C46,C47,C50,C53,C61,C63,C68,C7,C71,C74,C75,C76,C8,C80,C82,C84,D2,D3,D5,D6,D7
Chr8:52476076 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B66,B8
Chr8:52476100 ACC A 2bp_deletion frameshift_variant 10 A13,B100,B104,B3,B4,B85,C12,C15,C21,C35

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924479.1
CAATATTCATGGCTTCTTCCTTTCAAAAATTCTCTCTCGCTCTTGCTGGGCATTTTTTTTTCTTGAGTTGGTTATGTCTAGATATGTAATTCAAGTTGTTGTTTAGTTTGTATGGAAATTCGGTAAATTTCTTCAGCATAAGTTTGCTTCCATTTCTGCAGCTTTCATCTTTTTGCTTTCTCTTTTTACATCTACGGTTTGCCTCTCTTGACAACTTCTTGCTTTTCCTTCTTTCTTTTTTATATCTTCAGCTTCTAAGT...
XM_057924482.1
AAGGTATTGAAACTCTCACGTGCTACTTCTCTACTGAAAGTTATATGTTGCTCATTGCTTTATGTTTTCATTGTTATAGAATCATTTGGAGACCCGCGAGCTTCAGCGTATATATGGGAAGGAAAAGCTAAACATATGAATCATGACTCATGAGTTACTAGAACTTGCTGTTTCTTTTGAGTCTTTGCCGGGTAAGTCAACTACCAGGTTTTGAGCATTGCAGGAGTTGTACGGAGTATTCTGTGGCAGGCTGATAGGCC...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130999016
ATGTGCTTGCATTTATTAGAGAAGGTGGCTAGCTTGATTTTCACATTCAGTGTGCGCATTACTTTCCATCATCATCATCATCACTCTCGATTCGTCAATTTACAGAGGGCTCTTATTCAGATTTTAGCCGAGTTGAAGCTGGAGCTGTGCGGTACTAGCACTGCTGCCTGTGATCAGTACTCTGAAGTGGAGTTGCGGTCTGCTGCTGCTGCTCGAATTGTCACTCAGGATGACGTGAACGAATATGCGGCACTGGGGAG...
LOC130999016
ATGTGCTTGCATTTATTAGAGAAGGTGGCTAGCTTGATTTTCACATTCAGTGTGCGCATTACTTTCCATCATCATCATCATCACTCTCGATTCGTCAATTTACAGAGGGCTCTTATTCAGGCTTTACACAAATGTGAGAAGATTTTAGCCGAGTTGAAGCTGGAGCTGTGCGGTACTAGCACTGCTGCCTGTGATCAGTACTCTGAAGTGGAGTTGCGGTCTGCTGCTGCTGCTCGAATTGTCACTCAGGATGACGTGAA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057780462.1
MCLHLLEKVASLIFTFSVRITFHHHHHHSRFVNLQRALIQKALHKCEKILAELKLELCGTSTAACDQYSEVELRSAAAARIVTQDDVNEYAALGRIFILH
XP_057780463.1
MCLHLLEKVASLIFTFSVRITFHHHHHHSRFVNLQRALIQALHKCEKILAELKLELCGTSTAACDQYSEVELRSAAAARIVTQDDVNEYAALGRIFILH

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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