当前解析结果
SmilChr08G004291| 统一新 Gene ID | SmilChr08G004291 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G004291 |
| 描述 | C-terminal binding protein AN-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 52586643 - 52591246 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130999020 |
|---|---|
| GeneID | 130999020 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130999020 |
| 原始查询 | LOC130999020 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | C-terminal binding protein AN-like |
| 产物 | C-terminal binding protein AN-like |
| Arabidopsis | AT1G01510 (AN)NAD(P)-binding Rossmann-fold superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839401] identity=67.6; qcov=0.992; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os10g0533000- identity=61.2; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0000226 (microtubule cytoskeleton organization); GO:0051287 (NAD binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02826 (2-Hacid_dh_C) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130999020 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057780472.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057780472.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057780472.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057780472.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057780472.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:52586875 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B110 |
Chr8:52587143 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D3 |
Chr8:52587191 |
GC |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B13 |
Chr8:52587191 |
GC |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B13 |
Chr8:52587294 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B13,C82 |
Chr8:52588282 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B26 |
Chr8:52588346 |
G |
GT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 3 | B130,C28,C70 |
Chr8:52588346 |
G |
GT |
1bp_insertion | CDS_variant | 3 | B130,C28,C70 |
Chr8:52589070 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B13,C82 |
Chr8:52589418 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A15 |
Chr8:52589448 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C65 |
Chr8:52589808 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B101,B81,C35,D5 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057780472.1PF02826
2-Hacid_dh_C 119-302 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057780472.1 |
Pfam | PF02826 |
2-Hacid_dh_C | Domain | 119 | 302 | 2.5e-25 | 89.6 | D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。