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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004316

染色体: Chr08 坐标: 52850227-52851969 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004316
名称SmilChr08G004316
描述UDP-glycosyltransferase 91C1-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向52850227 - 52851969 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999037
GeneID130999037
locus_tag-
NCBI NameLOC130999037
原始查询LOC130999037

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述UDP-glycosyltransferase 91C1-like
产物UDP-glycosyltransferase 91C1-like
ArabidopsisAT5G49690 (AT5G49690)
UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835032]
identity=37.9; qcov=0.969; evalue=1.97e-110; confidence=medium
RiceOs03g0804900
-
identity=36.5; qcov=1.01; evalue=6.49e-99; confidence=medium
GOGO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF00201 (UDPGT); PF26168 (Glyco_transf_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999037

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057780489.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057780489.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057780489.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780489.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057780489.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:52850682 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:52850937 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr8:52851150 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 6 B130,B22,B51,B52,C73,D11
Chr8:52851201 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B47,C53,C84
Chr8:52851210 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 6 B130,B22,B51,B52,C73,D11
Chr8:52851457 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 4 A1,B131,B15,B60
Chr8:52851457 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A1,B131,B15,B60
Chr8:52851556 ATC A 2bp_deletion frameshift_variant 1 B100
Chr8:52851556 ATC A 2bp_deletion CDS_variant 1 B100
Chr8:52851649 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C87
Chr8:52851679 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C14
Chr8:52851847 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780489.1
479 aa
N
1
240
479
Glyco_transf_N
UDPGT
C
PF26168 Glyco_transf_N 13-193 aa PF00201 UDPGT 286-434 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057780489.1 Pfam PF26168 Glyco_transf_N Domain 13 193 4.3e-10 40.6 Glycosyltransferase, N-terminal domain
XP_057780489.1 Pfam PF00201 UDPGT Family 286 434 1.8e-11 44.3 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924506.1
ATTTTGTTTGAATAAATCATTGGTTCACAACCTCAAATTAACATCACACTCCCACCAACAATACACTATCTGACAACAAAAATACACAAAAATAAGAAGAGTTGAAATTGTTGAGTTGACATGAATAAGAGTGGAAGAAGAATGAGTGAAGAAAATGAGGTTCATGTTGTGATGCTGCCATGGCTGGCATTTGGTCACATGATCCCATTCTTGGATCTCTCTATTGCTTTAGCCAAATTTGGCATTCATGTCTCCTACAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999037
ATGAATAAGAGTGGAAGAAGAATGAGTGAAGAAAATGAGGTTCATGTTGTGATGCTGCCATGGCTGGCATTTGGTCACATGATCCCATTCTTGGATCTCTCTATTGCTTTAGCCAAATTTGGCATTCATGTCTCCTACATCTCTACTCCCCAAAACATTCCAAGACTCCCCAAAATCCCACCAAATCTGTCACAATTCATCGAATTCGTGGCCCTTCCTCTCCCCCAGCTCGAGTCGGATCCCCTGCCGGAGAACGCTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057780489.1
MNKSGRRMSEENEVHVVMLPWLAFGHMIPFLDLSIALAKFGIHVSYISTPQNIPRLPKIPPNLSQFIEFVALPLPQLESDPLPENAEATTDIPVERMDDLKIACDLLREPVKKVIAEKSPNWILVDFFHHWAADIARELDVPLILYIVVSAASAVFIWTPEFLAGEGQRQTRTSPQDMTVTPDWVDFPSQVLCRNHEAIAMYNLLYGARSSGIQDGARLTRMVQGCQAIVIRTCLELEADYLKLYSKITGKPMIPMGCLP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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