Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004355

染色体: Chr08 坐标: 53245753-53251192 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004355
名称SmilChr08G004355
描述SKP1-like protein 21
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向53245753 - 53251192 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999082
GeneID130999082
locus_tag-
NCBI NameLOC130999082
原始查询LOC130999082

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述SKP1-like protein 21
产物SKP1-like protein 21
ArabidopsisAT3G61415 (SK21)
SKP1-like 21 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825314]
identity=64.4; qcov=1.07; evalue=1.96e-154; confidence=high
RiceOs03g0107000
-
identity=77.9; qcov=0.623; evalue=4.43e-123; confidence=high
GOGO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0031146 (SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process); GO:0097602 (cullin family protein binding)
KEGG-
PfamPF01466 (Skp1); PF03931 (Skp1_POZ)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999082

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057780543.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057780544.1
3 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057780543.1
4 Nuclear body 核内小体 0.20000 XP_057780545.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780543.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:53246435 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B90,C72
Chr8:53246523 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 15 B1,B120,B15,B2,B23,B44,B51,B65,B7,B72,B78,C41,C58,C60,C64
Chr8:53247738 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B108,B120,B90,C75,D4
Chr8:53248173 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B6
Chr8:53248189 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B126,C19,C47
Chr8:53249376 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780543.1
375 aa
N
1
188
375
Skp1_POZ
Skp1
C
PF03931 Skp1_POZ 18-79 aa PF01466 Skp1 116-153 aa
XP_057780544.1
365 aa
N
1
182
365
Skp1_POZ
Skp1
C
PF03931 Skp1_POZ 18-79 aa PF01466 Skp1 116-153 aa
XP_057780545.1
352 aa
N
1
176
352
Skp1_POZ
Skp1
C
PF03931 Skp1_POZ 18-79 aa PF01466 Skp1 116-153 aa
XP_057780546.1
342 aa
N
1
171
342
Skp1_POZ
Skp1
C
PF03931 Skp1_POZ 18-79 aa PF01466 Skp1 116-153 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057780543.1 Pfam PF03931 Skp1_POZ Domain 18 79 5.4e-06 27.2 Skp1 family, tetramerisation domain
XP_057780543.1 Pfam PF01466 Skp1 Domain 116 153 1.3e-12 48.1 Skp1 family, dimerisation domain
XP_057780544.1 Pfam PF03931 Skp1_POZ Domain 18 79 5e-06 27.3 Skp1 family, tetramerisation domain
XP_057780544.1 Pfam PF01466 Skp1 Domain 116 153 1.2e-12 48.2 Skp1 family, dimerisation domain
XP_057780545.1 Pfam PF03931 Skp1_POZ Domain 18 79 6.2e-06 27.0 Skp1 family, tetramerisation domain
XP_057780545.1 Pfam PF01466 Skp1 Domain 116 153 1.3e-12 48.0 Skp1 family, dimerisation domain
XP_057780546.1 Pfam PF03931 Skp1_POZ Domain 18 79 5.9e-06 27.1 Skp1 family, tetramerisation domain
XP_057780546.1 Pfam PF01466 Skp1 Domain 116 153 1.2e-12 48.1 Skp1 family, dimerisation domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924563.1
ACAGACACACACACAAACACGCAGAGCGACAGATATATCGACTGTTTGCGTCTAATATCCATAGATTTCTTTCACTCAAAAACAATTAAACACAGAAATAATATTATCCCGTTTATAACCGTAACTCTGTGTACATCTCCATTTTGTATGTAATTATTAATCCATCTTCTGCGCGACCGCCATTTCCACAATTCAAAGCTTCGGTTTAGCACGAACTGTTTTCTTTTTTTTCACCATTTTCCAATTTCAGGTGCGGGTGT...
XM_057924561.1
ACAGACACACACACAAACACGCAGAGCGACAGATATATCGACTGTTTGCGTCTAATATCCATAGATTTCTTTCACTCAAAAACAATTAAACACAGAAATAATATTATCCCGTTTATAACCGTAACTCTGTGTACATCTCCATTTTGTATGTAATTATTAATCCATCTTCTGCGCGACCGCCATTTCCACAATTCAAAGCTTCGGTTTAGCACGAACTGTTTTCTTTTTTTTCACCATTTTCCAATTTCAGGTGCGGGTGT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130999082
ATGACGGAAGCTGATAGTGAAATTATAAAACCGGAGATGCTAAAGGCGTATGTGTGGCTTCAAACTTCTGATGGTTCAATACAGCAAGTAGAGCAAGAAGTTGCCATGTATTGCCCATTTATATGTCAAGAAATTCATTCTGGCATGGGATCTTCGAAGAATTATCCCATCTCTCTTCCTTCACGTGTCAATCCTTCCATGCTGAGCTTGATACTTGATTACTGCCGATTCCATCAAGTACCAGGACGTTCCAACAAGGA...
LOC130999082
ATGACGGAAGCTGATAGTGAAATTATAAAACCGGAGATGCTAAAGGCGTATGTGTGGCTTCAAACTTCTGATGGTTCAATACAGCAAGTAGAGCAAGAAGTTGCCATGTATTGCCCATTTATATGTCAAGAAATTCATTCTGGCATGGGATCTTCGAAGAATTATCCCATCTCTCTTCCTTCACGTGTCAATCCTTCCATGCTGAGCTTGATACTTGATTACTGCCGATTCCATCAAGTACCAGGACGTTCCAACAAGGA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057780543.1
MTEADSEIIKPEMLKAYVWLQTSDGSIQQVEQEVAMYCPFICQEIHSGMGSSKNYPISLPSRVNPSMLSLILDYCRFHQVPGRSNKERKSFDEKFVRMDTKRLCELTSAADSLQLKPLVDLTSRALARVIEGKTPEEIREIFHLPDDLTEEEKLEPIKNTMDDPRIRLLNRLYARKRKELKERERLKVITSLFLPCDNVEIEEERGDERSVDDLLSFINGGGEDSKGTRTSKNKKKSRKRKDLKAASTNCTSTSNNTSSS...
XP_057780544.1
MTEADSEIIKPEMLKAYVWLQTSDGSIQQVEQEVAMYCPFICQEIHSGMGSSKNYPISLPSRVNPSMLSLILDYCRFHQVPGRSNKERKSFDEKFVRMDTKRLCELTSAADSLQLKPLVDLTSRALARVIEGKTPEEIREIFHLPDDLTEEEKLEPIKNTMDDPRIRLLNRLYARKRKELKERERLKNVEIEEERGDERSVDDLLSFINGGGEDSKGTRTSKNKKKSRKRKDLKAASTNCTSTSNNTSSSSNDVDLNKKE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器