当前解析结果
SmilChr08G004407| 统一新 Gene ID | SmilChr08G004407 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G004407 |
| 描述 | remorin-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 53755737 - 53757647 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130999133 |
|---|---|
| GeneID | 130999133 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130999133 |
| 原始查询 | LOC130999133 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | remorin-like |
| 产物 | remorin-like |
| Arabidopsis | AT3G61260 (AT3G61260)Remorin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825298] identity=57.5; qcov=0.831; evalue=6.7e-61; confidence=high |
| Rice | Os04g0533300 (OsREM1.5)- identity=66.2; qcov=0.751; evalue=2.9e-59; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03763 (Remorin_C); PF03766 (Remorin_N) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130999133 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057780614.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.40000 | XP_057780614.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057780614.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057780614.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057780614.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:53756671 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C87 |
Chr8:53756674 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B17 |
Chr8:53757360 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B50,C63,C67,C84 |
Chr8:53757394 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B50,C63,C67,C84 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057780614.1PF03766
Remorin_N 40-85 aa
PF03763
Remorin_C 89-193 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057780614.1 |
Pfam | PF03766 |
Remorin_N | Family | 40 | 85 | 2.5e-12 | 47.3 | Remorin, N-terminal region |
XP_057780614.1 |
Pfam | PF03763 |
Remorin_C | Family | 89 | 193 | 2.5e-31 | 108.3 | Remorin, C-terminal region |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。