Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004407

染色体: Chr08 坐标: 53755737-53757647 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004407
名称SmilChr08G004407
描述remorin-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向53755737 - 53757647 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999133
GeneID130999133
locus_tag-
NCBI NameLOC130999133
原始查询LOC130999133

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述remorin-like
产物remorin-like
ArabidopsisAT3G61260 (AT3G61260)
Remorin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825298]
identity=57.5; qcov=0.831; evalue=6.7e-61; confidence=high
RiceOs04g0533300 (OsREM1.5)
-
identity=66.2; qcov=0.751; evalue=2.9e-59; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF03763 (Remorin_C); PF03766 (Remorin_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999133

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057780614.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057780614.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057780614.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780614.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057780614.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:53756671 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C87
Chr8:53756674 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B17
Chr8:53757360 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B50,C63,C67,C84
Chr8:53757394 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B50,C63,C67,C84

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780614.1
201 aa
N
1
100
201
Remorin_N
Remorin_C
C
PF03766 Remorin_N 40-85 aa PF03763 Remorin_C 89-193 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057780614.1 Pfam PF03766 Remorin_N Family 40 85 2.5e-12 47.3 Remorin, N-terminal region
XP_057780614.1 Pfam PF03763 Remorin_C Family 89 193 2.5e-31 108.3 Remorin, C-terminal region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924631.1
CATGAGCCGCGTCGCAGAGTATCGCAGTACACAAAATCGCGAGCTTGCGTTATCGCGTTTAAAGGCCCACAAAAAATACAATAAGCTTTTTCCTATCATCGAGCTCGTCTCGCCATTGCCAACCGTTTCTACTTCTTTCTCTGTTAGTGGAGAATTTTCTCTGCTTTCTTTTGATTTATTCGCCAGTAGTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGACTTTGTATATAAATACATACTGTATAGAAATGGCAGAAGCAACAGCAGCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999133
ATGGCAGAAGCAACAGCAGCAGCGGCGGAAGAAGTTGTTCAGAAGAAAGCTGAAGCGGAGGAGGCGCCGCCAGCTGCGGAGGAGGCGCCACCAGCTGCGGCGGAGATGGTGAAGTCCAACGACGTCGTGCAGCATGAGCCTGCTGTCCCGCCGCCACCTCACGACGACTCCAAAGCTCTTGCAATGATCCCTGAACCCTTAGCCAAGAAAAGCTCGAAGGGATCCCTCGATAGAGATGTTGCTCTTGCAAAGCTCGATGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057780614.1
MAEATAAAAEEVVQKKAEAEEAPPAAEEAPPAAAEMVKSNDVVQHEPAVPPPPHDDSKALAMIPEPLAKKSSKGSLDRDVALAKLDDEKRLSYIKAWEESEKTKVENKAQKKLSDVASWENTKKAALESELKSIEEKMQKKKGEYAEKIKNKVGLVHKQAEEKRALVEAKRGEDLLKTEETAAKLRATKQAPPKACGCLGG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器