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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004435

染色体: Chr08 坐标: 54034652-54036137 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004435
名称SmilChr08G004435
描述BON1-associated protein 2-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向54034652 - 54036137 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999150
GeneID130999150
locus_tag-
NCBI NameLOC130999150
原始查询LOC130999150

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述BON1-associated protein 2-like
产物BON1-associated protein 2-like
ArabidopsisAT2G45760 (BAP2)
BON association protein 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819184]
identity=38.5; qcov=0.844; evalue=5.38e-16; confidence=low
RiceOs09g0526500
-
identity=34.3; qcov=0.89; evalue=1.51e-10; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999150

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057780637.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057780637.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057780637.1
4 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057780637.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780637.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:54035554 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A15,B24,B60,C14
Chr8:54035641 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B126,C19,C47
Chr8:54035663 AAC A 2bp_deletion frameshift_variant 14 B130,B21,B28,B48,B59,B64,B75,B83,C20,C28,C29,C54,C70,C72
Chr8:54035665 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 58 A11,A22,A23,A25,A4,B1,B10,B100,B113,B12,B123,B126,B129,B13,B134,B135,B137,B139,B14,B15,B19,B25,B31,B34,B36,B37,B45,B5,B51,B54,B6,B63,B65,B71,B72,B76,B87,B94,B97,B99,C12,C14,C18,C19,C24,C27,C35,C37,C38,C40,C43,C45,C47,C59,C62,C7,C79,C9
Chr8:54035708 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B20,B72,B85
Chr8:54035737 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 6 A8,B106,B109,B29,C34,C72
Chr8:54035744 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A3,B108,B36,D11,D4
Chr8:54035746 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A16,B114,B90,B92,C15
Chr8:54035905 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A16,B114,B90,B92,C15
Chr8:54035933 C CCG 2bp_insertion frameshift_variant 58 A14,A6,A8,B102,B105,B11,B111,B118,B120,B125,B128,B134,B137,B138,B17,B18,B22,B27,B40,B44,B49,B52,B53,B58,B59,B60,B62,B67,B68,B84,B86,B89,B93,C10,C11,C21,C24,C25,C26,C29,C33,C34,C36,C37,C39,C43,C54,C56,C57,C61,C65,C69,C71,C75,C79,C8,D1,D7
Chr8:54035989 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 135 A13,A18,A2,A20,A21,A23,A25,A3,A4,A6,A7,A9,B1,B10,B101,B104,B107,B108,B109,B111,B112,B113,B114,B115,B117,B119,B12,B122,B123,B124,B125,B126,B13,B131,B133,B135,B136,B14,B140,B15,B16,B20,B21,B26,B3,B31,B33,B35,B36,B37,B4,B41,B44,B45,B46,B47,B48,B50,B51,B56,B57,B6,B61,B62,B65,B68,B70,B71,B72,B73,B77,B78,B79,B81,B83,B84,B85,B88,B9,B91,B93,B94,B96,B98,C1,C12,C13,C15,C17,C18,C19,C2,C21,C22,C23,C26,C31,C35,C36,C37,C38,C39,C4,C40,C41,C42,C45,C46,C49,C50,C52,C53,C56,C6,C60,C62,C64,C66,C73,C74,C76,C80,C82,C83,C85,C87,C9,D10,D11,D2,D4,D5,D6,D8,D9
Chr8:54035999 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 23 A15,B127,B132,B24,B33,B41,B47,B53,B55,B61,B64,B66,B82,B99,C10,C14,C32,C42,C47,C52,C68,C86,C87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924654.1
AAGTCGAAATATCGACATGTATTCATCGAACATGTTTTAAAAAATGATATCATATAAAACATCTCTAAAAGATATTGTGTAAGACATCTCTAAACCGATAAATCGTATGGTTTTTATAGAGTTCAAATGTCTATAATTGAATCTGTGATAAAATTACTACAACATTAAAGTTCATATGCAAAAACAATTAAACTACCATTAAAATTAAGGGAAAATATCATTTTAAACTCTCAAACTATTTTTGCACTATCAATTATATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999150
ATGGAGAAGCCGCCGCCAATGACGATCGAGGTGGCCGTTATTTCCGCCGAGGGTTTGCTGCTGAGCAGAGGAAACAAATCCGTCGAGAAGGGCGCTTTCGTCGTGGTAAGATCCGACCCGTTGAACTCGCGATCAACGGGTACGGATCGGGAGGGCGGGAGCTGCCCTGCATGGAACGAGAAGTGGGCGATGGAGCTGCCCGCCGACACCCGTTTCTTAACGGTGGAGGCGCATTCGGGCAGCAGGCCGACGAGCCCGTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057780637.1
MEKPPPMTIEVAVISAEGLLLSRGNKSVEKGAFVVVRSDPLNSRSTGTDREGGSCPAWNEKWAMELPADTRFLTVEAHSGSRPTSPSPISRAGFCPLINYSTFLTYRLRDANGRKNGILNLSVKVAACPGEPWAGVPVVDGKATCRGIATGIPI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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