Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G004428`

染色体: Chr08 坐标: 53954866-53956012 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G004428`
名称	SmilChr08G004428
描述	uncharacterized SmilChr08G004428
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	53954866 - 53956012 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130999154`
GeneID	`130999154`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130999154`
原始查询	`LOC130999154`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130999154

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057780641.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057780641.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057780641.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057780641.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057780641.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:53955203`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B93
`Chr8:53955316`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B113,B3,B30,B46,D9
`Chr8:53955331`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B45
`Chr8:53955386`	`T`	`TG`	1bp_insertion	frameshift_variant	51	A21,A22,A25,A6,A7,B104,B113,B121,B127,B129,B13,B140,B16,B2,B26,B3,B30,B36,B37,B46,B7,B70,B75,B8,B86,B9,B97,B99,C19,C21,C37,C38,C44,C45,C46,C51,C57,C6,C63,C67,C75,C77,C78,C84,C87,D10,D11,D3,D4,D5,D6
`Chr8:53955392`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C12
`Chr8:53955423`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	D10
`Chr8:53955423`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr8:53955436`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B13
`Chr8:53955494`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B101,B78
`Chr8:53955500`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A2
`Chr8:53955508`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	11	A14,B120,B128,B138,B20,B44,B67,B72,C33,C56,C71
`Chr8:53955526`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057924658.1
CCACCCTAGTATTCCGCCTCTCTCTCTCTCTCTCTGAGCAAATCACCACCTTCAATTGCCTCAAACCTCCGACTAACTTCAGTCGCCACCGTCGACGACGGCCGCCCATGGAATCCATGCCGCCTTCGGATGAGAATGGTTGGGTGAATCCTCGTCGACCCTTAAATCGCCCTCCCGTTGATTTAATCCTTGAGAATCTCCGACCTCGACCTCGTAATCCCTCTCCGATCTCCACCTCGAAGTCGGAAGAAACTCCGATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130999154
ATGACCGACGAGAGCGGAGGGCTCGCCGGCGGCGAACGGCTCGTCGATGGCAGAGCTCTCTGTAAATCTACCGGTGGATCTCTCAGTAAATCTTTCACCGATCCTTACTGGATTCGTGGTGGATCTTATGGCTGGAGCGCCGATTTCGATTGGGAATCCGACGATGATATGTCTTCGATGGAAAATGAGGAAGACTTGGTGGATCCTTACTTCTTATGGCTGATGTGTGAGTTCGAATTGCTCCAGTGTGCACCCATCTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057780641.1
MTDESGGLAGGERLVDGRALCKSTGGSLSKSFTDPYWIRGGSYGWSADFDWESDDDMSSMENEEDLVDPYFLWLMCEFELLQCAPICPLYSCFVLNPLLKFVYCLSLITVYCFP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器