Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G004424`

染色体: Chr08 坐标: 53934420-53938248 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G004424`
名称	SmilChr08G004424
描述	uncharacterized SmilChr08G004424
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	53934420 - 53938248 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130999155`
GeneID	`130999155`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130999155`
原始查询	`LOC130999155`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Endosomal targeting BRO1-like domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831250]; symbol=AT5G14020; hit=AT5G14020; species=arabidopsis; confidence=medium
产物	Endosomal targeting BRO1-like domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831250]; symbol=AT5G14020; hit=AT5G14020; species=arabidopsis; confidence=medium
Arabidopsis	`AT5G14020` (AT5G14020) Endosomal targeting BRO1-like domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831250] identity=59; qcov=0.952; evalue=2.25e-33; confidence=medium
Rice	`Os11g0514800` - identity=56.6; qcov=0.943; evalue=7.66e-27; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130999155

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057780642.1`
2	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057780642.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057780642.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057780642.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057780642.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:53935297`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B53,B8
`Chr8:53935306`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	16	B109,B121,B129,B140,B16,B47,B63,B73,B81,B85,C3,C46,C56,C72,C76,C83
`Chr8:53935310`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	B67,C78
`Chr8:53935310`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B67,C78
`Chr8:53935311`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr8:53935907`	`G`	`GGA`	2bp_insertion	frameshift_variant	3	B132,B57,C29
`Chr8:53935907`	`G`	`GGA`	2bp_insertion	CDS_variant	3	B132,B57,C29
`Chr8:53936230`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	6	A18,B129,B14,B79,C15,C38
`Chr8:53936248`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	70	A11,A13,A14,A15,A20,A3,B1,B103,B106,B11,B111,B115,B117,B118,B13,B134,B136,B15,B18,B2,B21,B22,B26,B30,B38,B39,B44,B46,B49,B56,B58,B60,B64,B65,B68,B7,B71,B78,B80,B84,B88,B96,B97,C15,C17,C18,C23,C25,C29,C34,C35,C36,C37,C39,C43,C44,C50,C55,C6,C61,C70,C72,C79,C83,C84,C86,D2,D5,D7,D9
`Chr8:53936283`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	17	B10,B109,B121,B140,B16,B47,B63,B73,B81,B85,C21,C3,C46,C56,C76,C80,C83

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA

XR_009093426.1
ACATCCCTCAAGGTCAAAGCCACATCTCAAAATTTCCATCCATGGCTTCAGCCGTTACATCTCTCAAAGTCTCAATTTCTCTCACAATATGAGTTTCCAGTCTCACCAGCAATTTTCCAACAATCCCGCCCCCAATCCCAACCCTAATCCGCCGCCCATTCTCATCTTATTCTTCTTCGGCCTCTCTGAGTCCGGATTTGAAAAATGCCCTGTGATTTTTATTTCTGTTTCATTGTAGTCCTACTGACTGAAGAACTCTT...

XR_009093425.1
CCTCAAGGTCAAAGCCACATCTCAAAATTTCCATCCATGGCTTCAGCCGTTACATCTCTCAAAGTCTCAATTTCTCTCACAATATGAGTTTCCAGTCTCACCAGCAATTTTCCAACAATCCCGCCCCCAATCCCAACCCTAATCCGCCGCCCATTCTCATCTTATTCTTCTTCGGCCTCTCTGAGTCCGGATTTGAAAAATGCCCTGTGATTTTTATTTCTGTTTCATTGTAGTCCTACTGACTGAAGAACTCTTCCTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130999155
ATGCAACTGTCTGTGAAGAAGAGACTAGCTTGTGAACAGTTGAGTTTCTATGCTCAGGCGTATAACTGTTTATCGGACAAGAATGAGAGCAGTGCAGCTCTGAAGAATCAACTATTCTTCCTCAAGTTGAAGCTTCTGGAAGCTAAGGCTGCAGCTTACTACTATCACCGTGTAATCCTAGACAAGGGCACAGAGCCTTCCTGCCATGTCAGCGTCGTCTGCTGCTCTCTTGCTACAGAGGAGTTGCTGGTCGAGAGCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057780642.1
MQLSVKKRLACEQLSFYAQAYNCLSDKNESSAALKNQLFFLKLKLLEAKAAAYYYHRVILDKGTEPSCHVSVVCCSLATEELLVESKKAYLTFCLADPITRRWLF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器