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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004436

染色体: Chr08 坐标: 54057763-54058441 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004436
名称SmilChr08G004436
描述BON1-associated protein 2-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向54057763 - 54058441 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999161
GeneID130999161
locus_tag-
NCBI NameLOC130999161
原始查询LOC130999161

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述BON1-associated protein 2-like
产物BON1-associated protein 2-like
ArabidopsisAT2G45760 (BAP2)
BON association protein 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819184]
identity=40.5; qcov=1.18; evalue=4.6e-28; confidence=medium
RiceOs09g0526500
-
identity=41.6; qcov=0.806; evalue=1.69e-12; confidence=low
GOGO:0006952 (defense response)
KEGG-
PfamPF00168 (C2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999161

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057780643.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057780643.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057780643.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780643.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057780643.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:54057833 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr8:54057893 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,A2,B133,C32,D5
Chr8:54057897 GGC G 2bp_deletion frameshift_variant 46 A14,A24,A6,A8,B105,B11,B111,B125,B134,B137,B17,B18,B22,B27,B40,B49,B52,B53,B58,B59,B68,B74,B78,B84,B86,B89,B93,C11,C16,C24,C25,C26,C27,C29,C33,C36,C37,C54,C57,C61,C65,C69,C75,C79,C8,D1
Chr8:54057968 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60
Chr8:54058012 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,A2,B133,D2,D5
Chr8:54058025 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B134
Chr8:54058079 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B8,C51,C57
Chr8:54058284 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B76,B99

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780643.1
170 aa
N
1
85
170
C2
C
PF00168 C2 14-98 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057780643.1 Pfam PF00168 C2 Domain 14 98 8.9e-05 23.4 C2 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924660.1
CGCAGTCACAATTCACAAACGCATTCGTAACAATAGCAAAATCGCAAAATCAACACGTGGCACACATGACCATGGGCAGCAGCAGCGGCGCTCCGCCGTCACGGACGATCGAGGTCACCGTTATCTCGGCCGAGGGCCTGCTCGTCAACAGGAAACGCCCCGTCAAGAACACCGTCTCCGTCACCGTGAGGACCAGCCCGTTCCACTCCGGTTCGACCGGGGTCGACCCGGAGGGCCGGAGCTGCCCGTCGTGGAACGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999161
ATGACCATGGGCAGCAGCAGCGGCGCTCCGCCGTCACGGACGATCGAGGTCACCGTTATCTCGGCCGAGGGCCTGCTCGTCAACAGGAAACGCCCCGTCAAGAACACCGTCTCCGTCACCGTGAGGACCAGCCCGTTCCACTCCGGTTCGACCGGGGTCGACCCGGAGGGCCGGAGCTGCCCGTCGTGGAACGAGAGGCTGGTGATGGAGCTGCCCGCCCACACGCCCTTTCTCACCGTGGAGGCGCGTGCGGGCAGCAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057780643.1
MTMGSSSGAPPSRTIEVTVISAEGLLVNRKRPVKNTVSVTVRTSPFHSGSTGVDPEGRSCPSWNERLVMELPAHTPFLTVEARAGSRVVGAASIPVTDFAGVHLPDGYLSFVSYRLRDASGEKNGIVNLSVRVRGGGSSSCAASCSRPWMGVAAAEGGAVVMGVPVSYTY

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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