Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004464

染色体: Chr08 坐标: 54316328-54317164 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004464
名称SmilChr08G004464
描述uncharacterized SmilChr08G004464
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向54316328 - 54317164 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999189
GeneID130999189
locus_tag-
NCBI NameLOC130999189
原始查询LOC130999189

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819194]; symbol=AT2G45860; hit=AT2G45860; species=arabidopsis; confidence=low
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819194]; symbol=AT2G45860; hit=AT2G45860; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT2G45860 (AT2G45860)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819194]
identity=66.7; qcov=0.988; evalue=2.48e-13; confidence=low
RiceOs02g0824400
-
identity=63.4; qcov=1; evalue=2.41e-11; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999189

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057780674.1
2 Nucleolus 核仁 1.00000 XP_057780674.1
3 Nucleolus rim Nucleolus rim 0.20000 XP_057780674.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780674.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057780674.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:54316482 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C63,C67,C84,D9
Chr8:54316488 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B110,B134,B3,B5,C5
Chr8:54316496 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B29,B58,C54,C68,D8
Chr8:54316499 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B1,B86
Chr8:54316520 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B136
Chr8:54317033 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C63,C67,C84

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924691.1
CCTTCTACGAGAAAAGAAGAAGTTGTGTGCAGCGCCTAAATTGAAGCATTAGGGTTTGTGATTGTTTCCCACTCGACGCCCCAATTGAGTGAGAGAATGTCGAAGAAGAACGATTTAGGCCGAAGAAAAAGGCAGCATGATTTCGATTTAAAGAGGGAAAAAGAAGCGAAGGAAAAGAAGGAAAAGAAGCTGAATGCCAAGAAAAATAAGATGAAAGTTGATGGTAGCAGCAGTAAGAAGAAGAAGGGTGGGAGTGGATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999189
ATGTCGAAGAAGAACGATTTAGGCCGAAGAAAAAGGCAGCATGATTTCGATTTAAAGAGGGAAAAAGAAGCGAAGGAAAAGAAGGAAAAGAAGCTGAATGCCAAGAAAAATAAGATGAAAGTTGATGGTAGCAGCAGTAAGAAGAAGAAGGGTGGGAGTGGATTTCAAGTAGGAAAGAAAAAGTTGAAAACGAGGATGACGCCGTTGGCCAAAGCTAAAGCTGCCCAGGCAATGGAGGTCGACAAATAA

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057780674.1
MSKKNDLGRRKRQHDFDLKREKEAKEKKEKKLNAKKNKMKVDGSSSKKKKGGSGFQVGKKKLKTRMTPLAKAKAAQAMEVDK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器