Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004073`

染色体: Chr01 坐标: 59127187-59134140 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004073`
名称	SmilChr01G004073
描述	ARM REPEAT PROTEIN INTERACTING WITH ABF2-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	59127187 - 59134140 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130999219`
GeneID	`130999219`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130999219`
原始查询	`LOC130999219`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ARM REPEAT PROTEIN INTERACTING WITH ABF2-like
产物	ARM REPEAT PROTEIN INTERACTING WITH ABF2-like
Arabidopsis	`AT5G19330` (ARIA) ARM repeat protein interacting with ABF2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832053] identity=75.3; qcov=0.973; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os05g0398100` - identity=73.7; qcov=0.292; evalue=3.69e-110; confidence=weak
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF00514 (Arm); PF00651 (BTB); PF02985 (HEAT); PF13513 (HEAT_EZ)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130999219

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057780709.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057780709.1`
3	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057780709.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057780709.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057780709.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:59127427`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B10,C59
`Chr1:59127599`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C52
`Chr1:59127651`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B128,B17
`Chr1:59128042`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C39
`Chr1:59129786`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B133,B29,B4
`Chr1:59131185`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr1:59131621`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B53,B74,B78,C45,C82
`Chr1:59133858`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B54
`Chr1:59133866`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B54
`Chr1:59133894`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B54

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780709.1

716 aa

358

716

Arm

HEAT_EZ

Arm

HEAT

BTB

PF00514 Arm 199-234 aa PF00514 Arm 237-276 aa PF13513 HEAT_EZ 307-359 aa PF00514 Arm 321-360 aa PF02985 HEAT 334-361 aa PF00651 BTB 544-644 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057780709.1`	Pfam	`PF00514`	Arm	Repeat	199	234	8.8e-46	153.3	Armadillo/beta-catenin-like repeat
`XP_057780709.1`	Pfam	`PF00514`	Arm	Repeat	237	276	8.8e-46	153.3	Armadillo/beta-catenin-like repeat
`XP_057780709.1`	Pfam	`PF13513`	HEAT_EZ	Repeat	307	359	6.5e-14	52.8	HEAT-like repeat
`XP_057780709.1`	Pfam	`PF00514`	Arm	Repeat	321	360	8.8e-46	153.3	Armadillo/beta-catenin-like repeat
`XP_057780709.1`	Pfam	`PF02985`	HEAT	Repeat	334	361	1.3e-11	44.3	HEAT repeat
`XP_057780709.1`	Pfam	`PF00651`	BTB	Domain	544	644	4.1e-25	88.8	BTB/POZ domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057924726.1
CAAAATACCCACGCGCACCTATCTCTTACACCCGAGATAAAAACTAATTCTTACACTAGCATTCATTTTCCCTTTCATCAAATCCATTATTTTTTATTTTATTTTTTCTCTTATGGAGAACCACAACCAGAACTCCGGGCGGCGCCACCGCGAGCAATCGGCCTCACCGTCCTCGCGCCGGAGCTTGAAGAGGAAGCTTGACGGGGAGTGCGGCGAAGATCGCAGAAGTGTCGGTGGCGAATCGCCCGCACCTTCGCAAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130999219
ATGGAGAACCACAACCAGAACTCCGGGCGGCGCCACCGCGAGCAATCGGCCTCACCGTCCTCGCGCCGGAGCTTGAAGAGGAAGCTTGACGGGGAGTGCGGCGAAGATCGCAGAAGTGTCGGTGGCGAATCGCCCGCACCTTCGCAACAAGATCTCATGCGCGATATACGCACGCAAGTTGAGATCCTCGATTCCGTTTTCTCAGCCGCCGAGCAAGATCGCGCGTCGGCCAAACACGCCATCCACGTCCTGTCGGAGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057780709.1
MENHNQNSGRRHREQSASPSSRRSLKRKLDGECGEDRRSVGGESPAPSQQDLMRDIRTQVEILDSVFSAAEQDRASAKHAIHVLSELAKNEDMVNLIVDCEAVPVLVKHLQAPPPLGMDGEGGPRSYEHEVEKGSAFTLGLLAIKPEHQQLIVDAGALNHLVDLLKRHSDGPNSRVVSGVIRRAADAITNLAHENSSIKIRVRIEGGIPPLVELLEFPDSKVQRAAAGALRTLAFKNDENKNQIVECNALPTLILMLRSE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器