Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G004498`

染色体: Chr08 坐标: 54595716-54597198 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G004498`
名称	SmilChr08G004498
描述	NAC domain-containing protein 79-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	54595716 - 54597198 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130999221`
GeneID	`130999221`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130999221`
原始查询	`LOC130999221`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	NAC domain-containing protein 79-like
产物	NAC domain-containing protein 79-like
Arabidopsis	`AT5G07680` (NAC080) NAC domain containing protein 80 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830661] identity=66.2; qcov=0.835; evalue=5.91e-104; confidence=high
Rice	`Os04g0460600` (NAC2) - identity=53.8; qcov=0.902; evalue=9.77e-85; confidence=high
GO	GO:0003677 (DNA binding); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG	-
Pfam	PF02365 (NAM)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130999221

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057780708.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057780708.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057780708.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057780708.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057780708.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:54596080`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr8:54596117`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A14
`Chr8:54596119`	`C`	`CGG`	2bp_insertion	frameshift_variant	16	A24,B102,B104,B13,B30,B40,B91,B99,C16,C47,C60,C62,C65,C87,C9,D8
`Chr8:54596149`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr8:54596234`	`T`	`TCG`	2bp_insertion	frameshift_variant	2	B101,C57
`Chr8:54596234`	`T`	`TCG`	2bp_insertion	CDS_variant	2	B101,C57
`Chr8:54596439`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C80
`Chr8:54596587`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B13,B60,B91,C32,C68
`Chr8:54596590`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A11,B127
`Chr8:54596629`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B8,C43
`Chr8:54596917`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B110
`Chr8:54596917`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B110

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780708.1

266 aa

133

266

NAM

PF02365 NAM 14-138 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057780708.1`	Pfam	`PF02365`	NAM	Family	14	138	7.8e-47	159.5	No apical meristem (NAM) protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057924725.1
ATTTGGTCTATTTCTCTCCGTCACCTTTCACACCACCCAAATAAAATTTCCCATTTCTCTCATTTCCCCCAAAATTTTATTTTCCTAAATATCAATTATTTGCTGGATTTGGAATCATTTATCGCAGTGGCGTCTGGAGCTGTTTGGCAGAATCCCTTTTTTTTCATCTTTTTTTCGCAGTAAGCTTGCAAAAGTTTGCTTCTTCTTCTTCTTCCCCAATCCATCAAAGTCAAAATCGAAAAAAAAATTATTTGGATTGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130999221
ATGATGGAATTCAAATCTGGAGATGATCACATAGACCTGCCTCCTGGGTTTCGATTTCACCCAACCGATGAAGAACTCATCACTCATTATCTGTCGAAGAAGGTTCTCGATCCTTCCTTCTCCGCCGTCGCCATTGGCGAAGTCGACATGAACAAAGTCGAGCCGTGGGAGCTGCCTTGGAGAGCGAAATTAGGGGAGAAGGAATGGTATTTTTTCTGCATAAGGGATAAGAAGTATCCGACGGGGCTGCGAACGAACAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057780708.1
MMEFKSGDDHIDLPPGFRFHPTDEELITHYLSKKVLDPSFSAVAIGEVDMNKVEPWELPWRAKLGEKEWYFFCIRDKKYPTGLRTNRATAAGYWKATGKDREILRGRSLVGMKKTLVFYQGRAPKGEKSNWVTHEYRLEGEFSPPGSAKNDWVISRVFQKTTGGKKIHISGMTRVESATMPPLVDSMKLEPKYEHEHEHVHCFSKAAAAVAPHKDLFNNDPIFPSSSNHVDFSSFSRSQFPQIQGEAGFTFPDLYSSTGF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器