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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004552

染色体: Chr08 坐标: 55093319-55095709 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004552
名称SmilChr08G004552
描述cytochrome P450 71A1-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向55093319 - 55095709 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999259
GeneID130999259
locus_tag-
NCBI NameLOC130999259
原始查询LOC130999259

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cytochrome P450 71A1-like
产物cytochrome P450 71A1-like
ArabidopsisAT4G31500 (CYP83B1)
cytochrome P450, family 83, subfamily B, polypeptide 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829277]
identity=42; qcov=0.996; evalue=3.61e-150; confidence=medium
RiceOs12g0512800 (OsCYP71E5)
-
identity=40.3; qcov=1.01; evalue=7.94e-117; confidence=medium
GOGO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGG-
PfamPF00067 (p450)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999259

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057780754.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.80000 XP_057780754.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057780754.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780754.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057780754.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:55093478 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C50
Chr8:55093507 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,B90,C42
Chr8:55093531 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C5
Chr8:55093643 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr8:55093662 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B82
Chr8:55093707 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B135,B71,C5,D10
Chr8:55093720 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B83
Chr8:55093776 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B112,B12,B122,B29,C41
Chr8:55093780 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B128,B8,B86,C27,C3
Chr8:55093829 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr8:55093960 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr8:55093966 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B12,C41

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780754.1
499 aa
N
1
250
499
p450
C
PF00067 p450 33-489 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057780754.1 Pfam PF00067 p450 Domain 33 489 2.5e-107 360.2 Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924771.1
GAGACACCTTTGTGGTTTTTTCTATTTTAACATCAAGTATCAACCTCTCAAACAAACCAAAGAAAGAAAAAATGATGTCACTTGTTTTGCTCTTGGCTCTTCCCATAATCCCCATGATCATCTTCTACTTCCAAACACAAAACCCTAAACATGCCAACAAACCCCATCCACCGGGCCCACCGCGGCTGCCGTTCATCGGCAACCTGCACCACTTCGACGGCCGGTCTCCGCACACGTACCTCCGCCGCCTCTCGGAGAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999259
ATGATGTCACTTGTTTTGCTCTTGGCTCTTCCCATAATCCCCATGATCATCTTCTACTTCCAAACACAAAACCCTAAACATGCCAACAAACCCCATCCACCGGGCCCACCGCGGCTGCCGTTCATCGGCAACCTGCACCACTTCGACGGCCGGTCTCCGCACACGTACCTCCGCCGCCTCTCGGAGAAGTACGGCCCCGTCACGTCCCTCAGGCTCGGATTCCGGCGAGTCATCGTAATTTCCTCAGCAGATGCAGTGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057780754.1
MMSLVLLLALPIIPMIIFYFQTQNPKHANKPHPPGPPRLPFIGNLHHFDGRSPHTYLRRLSEKYGPVTSLRLGFRRVIVISSADAVKEIVKSHDAVFSSRPLLVALRRLTYDGLDVAFSPYNDAWREMRKISTIHLFSAKQVQSFRPVFKDEVAKMMEKIARDAASSAVADLSETMMSLSSNTICRVAFGKSYGDERYGKSRFHDLLRDTQPLLGGFFMADYLPSLRWIDNLSGMAAKLEKNFQEMDSFYEEVIEEHMNP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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