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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004560

染色体: Chr08 坐标: 55204041-55209929 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G004560
名称SmilChr08G004560
描述uncharacterized SmilChr08G004560
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向55204041 - 55209929 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999269
GeneID130999269
locus_tag-
NCBI NameLOC130999269
原始查询LOC130999269

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
PfamPF18052 (Rx_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999269

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057780759.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057780759.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057780759.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780759.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057780759.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:55206050 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C23,D8
Chr8:55206734 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B91
Chr8:55206966 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 1 B131
Chr8:55206966 CA C 1bp_deletion CDS_variant 1 B131
Chr8:55206969 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 1 B131
Chr8:55206969 A AT 1bp_insertion CDS_variant 1 B131

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780759.1
321 aa
N
1
160
321
Rx_N
C
PF18052 Rx_N 124-213 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057780759.1 Pfam PF18052 Rx_N Domain 124 213 3e-14 53.6 Rx N-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XR_009093461.1
CATTCTGCAATAGTATACTTACAAGAGAGCAACTATACAGCAATAATTAACATCTCCTTCAAAAAAAAAGTAAAAGTAAATTTATTGAATAAATCACAAGGGCGCATTCTAGAAACTTCACAAGATCCTAGAGTAGCACAACCAAGCCCATTTCTTCTTCTTCTTCCTCTAGCTAGTCACTCTTGAAATTCAAGTAAAAAAAGGAAGAATCTTGAAAATGGGTGGCAGCCGCTGGATCAGACCTGAGGTGTATCCACTGT...
XR_009093462.1
CATTCTGCAATAGTATACTTACAAGAGAGCAACTATACAGCAATAATTAACATCTCCTTCAAAAAAAAAGTAAAAGTAAATTTATTGAATAAATCACAAGGGCGCATTCTAGAAACTTCACAAGATCCTAGAGTAGCACAACCAAGCCCATTTCTTCTTCTTCTTCCTCTAGCTAGTCACTCTTGAAATTCAAGTAAAAAAAGGAAGAATCTTGAAAATGGGTGGCAGCCGCTGGATCAGACCTGAGGTGTATCCACTGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999269
ATGAGAAGGGAGGCTGCCCGACTACAGATTTTGCAGTCGGCAACCAACCGCTTCAAAACCAACATTTCATCATCGGAAGAGACCGGGACCGAACTTACCACCACATTCCGCCCTGCAACACGGCCGGAAGTGCGGTTGCAACAAATCACCGCCGATAGAAGCAAAGAAGGCGGAGGAAAGAACCCAGGCGTCTCGGTCGTCGCCGCCGCCCAATCTTCGCTGCCGCCGCCGAATCATTACTACGGCGTGGCTAACTGTCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057780759.1
MRREAARLQILQSATNRFKTNISSSEETGTELTTTFRPATRPEVRLQQITADRSKEGGGKNPGVSVVAAAQSSLPPPNHYYGVANCQKPTGAAAVAAGAAEAATNRTSPVGQKRVETQLMADAALEWLLDKLQQLLLYEAQLVKNVKTQLEKLEMNLRVFRAFLADSAQSVKDDDDAVFEELIRQASGVIYEVEDVVDQCRRRSQNSAAEPAKSKGCEESNVMMMNEREVDGEGRGGGWRRELGIRFGVLTLNPHSSLYL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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