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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004079

染色体: Chr01 坐标: 59212599-59214259 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004079
名称SmilChr01G004079
描述40S ribosomal protein S24-1-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向59212599 - 59214259 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999273
GeneID130999273
locus_tag-
NCBI NameLOC130999273
原始查询LOC130999273

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述40S ribosomal protein S24-1-like
产物40S ribosomal protein S24-1-like
ArabidopsisAT5G28060 (AT5G28060)
Ribosomal protein S24e family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832878]
identity=88.6; qcov=0.964; evalue=1.18e-84; confidence=high
RiceOs01g0723200 (OsRPS24)
-
identity=86.3; qcov=0.956; evalue=1.29e-81; confidence=high
GOGO:0003735 (structural constituent of ribosome); GO:0005840 (ribosome); GO:0006412 (translation)
KEGGsmil03010 (Ribosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF01282 (Ribosomal_S24e)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999273

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057780764.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057780764.1
3 Nucleolus 核仁 0.20000 XP_057780764.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057780764.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057780764.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:59212732 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:59212735 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A20,C83
Chr1:59212812 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B56,B64,C37

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780764.1
137 aa
N
1
68
137
Ribosomal_S24e
C
PF01282 Ribosomal_S24e 6-97 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057780764.1 Pfam PF01282 Ribosomal_S24e Family 6 97 4.8e-39 133.0 Ribosomal protein S24e

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924781.1
AGGTTATATAACGCCACTATTAAACGACTTTGCGATTTGAACACTCCTATCCGCCTCAATTTGCAGTCGTTTACCAGTTAATCGAGAGATTCGAACCTCTTTTTGCAATATTCTGCAGTAAAATGGCGGACAAGGCGGTCACAATCAGAACAAGAAAGTTCATGACAAATCGCCTCCTCTCGAGGAAGCAATTCATCATCGATGTGTTGCATCCAGGAAGACCTAATGTTTCCAAGGCTGAACTGAAGGAGAAGTTGTCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999273
ATGGCGGACAAGGCGGTCACAATCAGAACAAGAAAGTTCATGACAAATCGCCTCCTCTCGAGGAAGCAATTCATCATCGATGTGTTGCATCCAGGAAGACCTAATGTTTCCAAGGCTGAACTGAAGGAGAAGTTGTCCAAGATGTATGAGGTCAAAGATCCGAATGCCATCTTCGTTTTCAAGTTCAGGACTCACTTTGGTGGTGGCAAATCCACAGGATTTGGTTTGATTTATGATTCTGTAGAAAACGCTAAGAAATA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057780764.1
MADKAVTIRTRKFMTNRLLSRKQFIIDVLHPGRPNVSKAELKEKLSKMYEVKDPNAIFVFKFRTHFGGGKSTGFGLIYDSVENAKKYEPKYRLIRNGLDTKIEKSRKQMKERKNRAKKIRGVKKTKAGDAAKAGKKK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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