当前解析结果
SmilChr08G004573| 统一新 Gene ID | SmilChr08G004573 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G004573 |
| 描述 | phytyl ester synthase 2, chloroplastic-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 55292695 - 55307099 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130999282 |
|---|---|
| GeneID | 130999282 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130999282 |
| 原始查询 | LOC130999282 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | phytyl ester synthase 2, chloroplastic-like |
| 产物 | phytyl ester synthase 2%2C chloroplastic-like |
| Arabidopsis | AT5G41120 (AT5G41120)Esterase/lipase/thioesterase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834114] identity=50.2; qcov=0.963; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os01g0362100- identity=44.6; qcov=0.966; evalue=1.31e-177; confidence=medium |
| GO | GO:0008374 (GO:0008374); GO:0016020 (membrane) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03982 (DAGAT) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130999282 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057780774.1 |
| 2 | Chloroplast membrane | 叶绿体膜 | 0.80000 | XP_057780774.1 |
| 3 | Chloroplast stroma | 叶绿体基质 | 0.40000 | XP_057780774.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057780774.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057780774.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:55292812 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B128 |
Chr8:55292827 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B57,B88 |
Chr8:55292842 |
CAT |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 2 | A18,C83 |
Chr8:55292842 |
CAT |
C |
2bp_deletion | CDS_variant | 2 | A18,C83 |
Chr8:55292896 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C23 |
Chr8:55292908 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C53,D11 |
Chr8:55293833 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C21 |
Chr8:55294329 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr8:55294475 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C53 |
Chr8:55294500 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B83 |
Chr8:55294530 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B24,B83 |
Chr8:55294548 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B24,B83 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057780774.1PF03982
DAGAT 417-493 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057780774.1 |
Pfam | PF03982 |
DAGAT | Family | 417 | 493 | 4.4e-08 | 33.1 | Diacylglycerol acyltransferase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。